PDB-8q5e: Crystal structure of PpSB1-LOV protein from Pseudomonas putida wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q5e

タイトル

Crystal structure of PpSB1-LOV protein from Pseudomonas putida with covalent FMN

要素

Sensory box protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / covalent flavinylation

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Fixing Flavins: Hijacking a Flavin Transferase for Equipping Flavoproteins with a Covalent Flavin Cofactor.
著者: Tong, Y. / Kaya, S.G. / Russo, S. / Rozeboom, H.J. / Wijma, H.J. / Fraaije, M.W.

履歴

登録	2023年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q5e.cif.gz	72.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q5e.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q5fC 8q5gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sensory box protein

B: Sensory box protein

ヘテロ分子

33.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.926, 153.926, 36.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 135 / Label seq-ID: 1 - 135

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Sensory box protein 分子量: 16177.114 Da / 分子数: 2 / 変異: D60D R61A D62A Q63S L64G G65A R66T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 遺伝子: PP_4629 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88E39
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG3350, 10 mM MgCl 2 , 5 mM NiCl 2 and 100 mM HEPES buffer pH 7.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→44.43 Å / Num. obs: 11764 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.968 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 22897
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.458 / Num. measured all: 2476 / Num. unique obs: 1262 / CC_1/2: 0.722 / R_pim(I) all: 0.39 / R_rim(I) all: 0.604 / Χ²: 0.66 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→38.511 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 11.435 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.328 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2944	602	5.155 %
R_work	0.227	11077	-
all	0.23	-	-
obs	-	11679	93.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.151 Å²	-0.075 Å²	0 Å²
2-	-	-0.151 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.489 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.511 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2156	0	61	0	2217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.643	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.564	1.572	4812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.475	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.017	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.784	10	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.944	10	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.407	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.375	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.6	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.402	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.696	7.01	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.696	7.01	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.838	12.563	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.834	12.562	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.778	7.627	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.755	7.624	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.644	13.639	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	13.64	13.639	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.147	84.931	9395
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	17.147	84.928	9396
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.166	0.05	3937

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16562	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16562	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.432	36	0.293	816	0.298	880	0.884	0.951	96.8182	0.284
2.462-2.529	0.384	49	0.283	822	0.289	904	0.938	0.956	96.3496	0.262
2.529-2.602	0.382	50	0.256	790	0.263	876	0.924	0.965	95.8904	0.225
2.602-2.682	0.302	62	0.254	745	0.258	836	0.951	0.963	96.5311	0.228
2.682-2.769	0.361	36	0.252	774	0.257	846	0.91	0.966	95.7447	0.223
2.769-2.866	0.247	41	0.258	676	0.257	750	0.96	0.964	95.6	0.223
2.866-2.974	0.363	30	0.248	753	0.252	807	0.921	0.963	97.026	0.218
2.974-3.094	0.311	48	0.227	620	0.233	710	0.931	0.97	94.0845	0.211
3.094-3.231	0.23	30	0.234	625	0.234	710	0.965	0.968	92.2535	0.217
3.231-3.388	0.35	33	0.239	582	0.246	672	0.932	0.968	91.5179	0.234
3.388-3.569	0.343	26	0.275	582	0.278	660	0.934	0.959	92.1212	0.267
3.569-3.784	0.489	21	0.405	484	0.408	586	0.831	0.914	86.1775	0.376
3.784-4.042	0.297	32	0.265	516	0.267	594	0.96	0.96	92.2559	0.282
4.042-4.362	0.232	24	0.184	475	0.187	524	0.969	0.981	95.229	0.217
4.362-4.772	0.172	19	0.136	421	0.137	473	0.981	0.989	93.0233	0.162
4.772-5.325	0.297	16	0.161	419	0.166	463	0.959	0.986	93.9525	0.201
5.325-6.13	0.229	14	0.186	342	0.188	393	0.975	0.98	90.5852	0.221
6.13-7.46	0.373	8	0.185	289	0.189	328	0.96	0.981	90.5488	0.242
7.46-10.358	0.222	18	0.146	217	0.151	257	0.972	0.989	91.4397	0.201
10.358-38.511	0.232	9	0.215	129	0.216	157	0.968	0.968	87.8981	0.28

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