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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q4k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Borrelia burgdorferi BB0158 | ||||||
![]() | S2 lipoprotein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Lyme disease / outer surface protein / borreliosis. | ||||||
機能・相同性 | Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / S2 lipoprotein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brangulis, K. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural studies of chromosomally encoded outer surface lipoprotein BB0158 from Borrelia burgdorferi sensu stricto. 著者: Brangulis, K. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Kazaks, A. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24208.658 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: First 4 residues (GAMG) are remnants from the expression tag after TEV protease cleavage. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BB_0158 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate (pH 4.6) 20% PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→44.97 Å / Num. obs: 35959 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3725 / CC1/2: 0.938 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.838 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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