PDB-8q4k: Crystal structure of Borrelia burgdorferi BB0158

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q4k

タイトル

Crystal structure of Borrelia burgdorferi BB0158

要素

S2 lipoprotein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Lyme disease / outer surface protein / borreliosis.

機能・相同性

Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / S2 lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Brangulis, K. / Tars, K.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Ticks Tick Borne Dis / 年: 2024
タイトル: Structural studies of chromosomally encoded outer surface lipoprotein BB0158 from Borrelia burgdorferi sensu stricto.
著者: Brangulis, K. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Kazaks, A. / Tars, K.

履歴

登録	2023年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q4k.cif.gz	175.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q4k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: S2 lipoprotein

BBB: S2 lipoprotein

CCC: S2 lipoprotein

DDD: S2 lipoprotein

ヘテロ分子

97.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: S2 lipoprotein

BBB: S2 lipoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: S2 lipoprotein

DDD: S2 lipoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.063, 81.774, 80.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.381, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	S2 lipoprotein 分子量: 24208.658 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: First 4 residues (GAMG) are remnants from the expression tag after TEV protease cleavage. 由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア) 遺伝子: BB_0158 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O51180
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate (pH 4.6) 20% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→44.97 Å / Num. obs: 35959 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3725 / CC_1/2: 0.938

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→44.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.323 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2973	1821	5.066 %
R_work	0.213	34128	-
all	0.217	-	-
obs	-	35949	99.255 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.838 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	0 Å²	0.004 Å²
2-	-	-0.003 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6473	0	15	248	6736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	6603
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.016	6434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.637	8897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.287	1.586	14959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.818	5	802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.938	26.545	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.399	15	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	5933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.343	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.303	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.115	4.979	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.113	4.979	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.044	7.45	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.044	7.45	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.24	5.371	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.206	5.363	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.417	7.878	4877
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.417	7.866	4860
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.115	57.489	7112
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.109	57.47	7099

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.359	143	0.275	2511	X-RAY DIFFRACTION	99.6246
2.462-2.53	0.346	133	0.27	2415	X-RAY DIFFRACTION	98.2267
2.53-2.603	0.295	121	0.232	2402	X-RAY DIFFRACTION	99.3698
2.603-2.683	0.36	137	0.262	2284	X-RAY DIFFRACTION	99.5068
2.683-2.771	0.395	111	0.268	2253	X-RAY DIFFRACTION	99.5788
2.771-2.868	0.376	101	0.23	2193	X-RAY DIFFRACTION	99.2644
2.868-2.976	0.327	105	0.212	2086	X-RAY DIFFRACTION	99.6362
2.976-3.097	0.317	104	0.22	2039	X-RAY DIFFRACTION	99.6744
3.097-3.235	0.316	107	0.224	1904	X-RAY DIFFRACTION	98.0976
3.235-3.392	0.318	111	0.228	1843	X-RAY DIFFRACTION	99.4402
3.392-3.576	0.319	109	0.237	1771	X-RAY DIFFRACTION	99.8407
3.576-3.792	0.271	81	0.214	1667	X-RAY DIFFRACTION	99.6011
3.792-4.053	0.244	90	0.179	1583	X-RAY DIFFRACTION	99.7615
4.053-4.377	0.223	73	0.165	1458	X-RAY DIFFRACTION	99.5449
4.377-4.793	0.241	67	0.164	1344	X-RAY DIFFRACTION	97.6471
4.793-5.356	0.271	64	0.178	1236	X-RAY DIFFRACTION	99.3884
5.356-6.18	0.325	67	0.215	1067	X-RAY DIFFRACTION	99.561
6.18-7.556	0.333	35	0.239	949	X-RAY DIFFRACTION	99.2936
7.556-10.634	0.283	33	0.179	712	X-RAY DIFFRACTION	98.545
10.634-44.97	0.258	29	0.254	411	X-RAY DIFFRACTION	98.2143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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