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- PDB-8q4h: a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase complex R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q4h
タイトルa membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase complex RDH complex
要素
  • Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein
  • Tetrachloroethene reductive dehalogenase
キーワードELECTRON TRANSPORT / RDH menaquinol:organohalide oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrachloroethene reductive dehalogenase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TAT (twin-arginine translocation) pathway signal sequence / 4Fe-4S double cluster binding domain / Reductive dehalogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CO-METHYLCOBALAMIN / (~{Z})-1,2-bis(chloranyl)ethene / MENAQUINONE-7 / IRON/SULFUR CLUSTER / Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein / Tetrachloroethene reductive dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense TCE1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Dongchun, N. / Ekundayo, B. / Henning, S. / Julien, M. / Holliger, C. / Cimmino, L.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
Swiss National Science FoundationIZLCZ0_206089 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase.
著者: Lorenzo Cimmino / Américo G Duarte / Dongchun Ni / Babatunde E Ekundayo / Inês A C Pereira / Henning Stahlberg / Christof Holliger / Julien Maillard /
要旨: Organohalide-respiring bacteria are key organisms for the bioremediation of soils and aquifers contaminated with halogenated organic compounds. The major players in this process are respiratory ...Organohalide-respiring bacteria are key organisms for the bioremediation of soils and aquifers contaminated with halogenated organic compounds. The major players in this process are respiratory reductive dehalogenases, corrinoid enzymes that use organohalides as substrates and contribute to energy conservation. Here, we present the structure of a menaquinol:organohalide oxidoreductase obtained by cryo-EM. The membrane-bound protein was isolated from Desulfitobacterium hafniense strain TCE1 as a PceAB complex catalysing the dechlorination of tetrachloroethene. Two catalytic PceA subunits are anchored to the membrane by two small integral membrane PceB subunits. The structure reveals two menaquinone molecules bound at the interface of the two different subunits, which are the starting point of a chain of redox cofactors for electron transfer to the active site. In this work, the structure elucidates how energy is conserved during organohalide respiration in menaquinone-dependent organohalide-respiring bacteria.
履歴
登録2023年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase
B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase
C: Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein
D: Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,08314
ポリマ－133,4964
非ポリマー5,58710
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Tetrachloroethene reductive dehalogenase


分子量: 56620.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: (COB)(SF4)(SF4)(MQ7)
由来: (天然) Desulfitobacterium hafniense TCE1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8GJ31
#2: タンパク質 Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein


分子量: 10126.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfitobacterium hafniense TCE1 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8GJ30

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非ポリマー , 5種, 24分子

#3: 化合物 ChemComp-JYF / (~{Z})-1,2-bis(chloranyl)ethene / cis-1,2-ジクロロエチレン


分子量: 96.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2Cl2
#4: 化合物 ChemComp-COB / CO-METHYLCOBALAMIN


分子量: 1344.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H91CoN13O14P
#5: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#6: 化合物 ChemComp-MQ7 / MENAQUINONE-7 / メナキノン7


分子量: 648.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H64O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase
タイプ: COMPLEX / 詳細: PceA2B2 / Entity ID: #2 / 由来: NATURAL
分子量値: 130 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Desulfitobacterium hafniense TCE1 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34078 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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