PDB-8q4e: Structure of Legionella pneumophila Lcl C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q4e

タイトル

Structure of Legionella pneumophila Lcl C-terminal domain

要素

HbP1

キーワード

CELL ADHESION / Lcl / T2SS / adhesion / biofilm / Legionella pneumophila / collagen

機能・相同性

Protein of unknown function DUF1566 / Lcl C-terminal domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / HbP1

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila 130b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rehman, S. / Garnett, J.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The Legionella collagen-like protein employs a unique binding mechanism for the recognition of host glycosaminoglycans.
著者: Rehman, S. / Antonovic, A.K. / McIntire, I.E. / Zheng, H. / Cleaver, L. / Adams, C.O. / Portlock, T. / Richardson, K. / Shaw, R. / Oregioni, A. / Mastroianni, G. / Whittaker, S.B. / Kelly, G. ...

履歴

登録	2023年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q4e.cif.gz	399 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q4e.ent.gz	251.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q4e_validation.pdf.gz	418.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q4e_full_validation.pdf.gz	419.8 KB	表示
XML形式データ	8q4e_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	8q4e_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qk8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HbP1

B: HbP1

C: HbP1

56.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.600, 52.870, 97.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.090, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 271 - 401 / Label seq-ID: 35 - 165

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	HbP1 分子量: 18807.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila 130b (バクテリア) 遺伝子: hbP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7BLH6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M bis-tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97969 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97969 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.56 Å / Num. obs: 34006 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 2460 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→45.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1878	1659	4.879 %
R_work	0.1582	32347	-
all	0.16	-	-
obs	-	34006	99.328 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.818 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.423 Å²	-0 Å²	-0.141 Å²
2-	-	-0.434 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.731 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3087	0	0	397	3484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.011	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.18	1.641	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.651	1.59	6651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.73	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.87	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.851	10	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.54	10	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.108	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.219	0.856	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.219	0.856	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.669	1.53	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.669	1.53	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.826	1.147	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.825	1.147	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.318	1.949	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.317	1.949	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.238	10.153	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.181	9.089	3485
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.057	0.05	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.055	0.05	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.043	0.05	4453

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05686	0.05011
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05686	0.05011
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05538	0.05011
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05538	0.05011
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0434	0.05011
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0434	0.05011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.247	103	0.195	2352	X-RAY DIFFRACTION	97.0739
1.949-2.003	0.226	125	0.174	2307	X-RAY DIFFRACTION	99.8358
2.003-2.061	0.189	112	0.164	2254	X-RAY DIFFRACTION	99.8734
2.061-2.124	0.199	106	0.159	2224	X-RAY DIFFRACTION	99.7431
2.124-2.193	0.212	97	0.151	2146	X-RAY DIFFRACTION	99.6889
2.193-2.27	0.194	92	0.153	2048	X-RAY DIFFRACTION	99.674
2.27-2.356	0.238	100	0.153	1989	X-RAY DIFFRACTION	99.5236
2.356-2.452	0.174	102	0.146	1915	X-RAY DIFFRACTION	99.7034
2.452-2.56	0.162	87	0.147	1838	X-RAY DIFFRACTION	99.4832
2.56-2.685	0.165	104	0.147	1736	X-RAY DIFFRACTION	99.5671
2.685-2.829	0.207	94	0.163	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.4828
2.829-3	0.179	103	0.149	1580	X-RAY DIFFRACTION	99.8221
3-3.206	0.168	62	0.156	1502	X-RAY DIFFRACTION	99.4911
3.206-3.462	0.19	76	0.165	1393	X-RAY DIFFRACTION	99.2568
3.462-3.79	0.164	68	0.15	1293	X-RAY DIFFRACTION	98.8381
3.79-4.234	0.177	63	0.15	1141	X-RAY DIFFRACTION	99.3399
4.234-4.882	0.176	47	0.144	1034	X-RAY DIFFRACTION	99.2654
4.882-5.962	0.187	49	0.173	882	X-RAY DIFFRACTION	99.3597
5.962-8.36	0.196	43	0.184	672	X-RAY DIFFRACTION	97.6776
8.36-45.56	0.2	26	0.211	404	X-RAY DIFFRACTION	98.1735

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7586	-0.2169	0.3114	1.5289	0.4345	2.0088	0.0287	0.0833	0.1012	-0.0345	-0.0066	-0.0162	-0.0118	0.0421	-0.0222	0.0364	0.0122	-0.0044	0.0079	0.0008	0.0363	-4.288	42.378	24.694
2	1.8563	0.3511	-0.0552	1.4037	-0.1959	2.4607	0.0022	0.0811	-0.1087	-0.0524	-0.0087	-0.0909	0.075	-0.0163	0.0064	0.0141	-0.0008	-0.0128	0.0287	-0.002	0.0428	13.331	27.435	24.543
3	1.2263	0.0125	-0.047	2.0486	-0.1425	2.4189	0.018	0.0459	-0.0654	-0.0492	0.014	0.1717	-0.0434	-0.0423	-0.0321	0.0396	-0.0127	-0.0256	0.0138	0.0099	0.072	-8.502	19.645	24.763

精密化 TLSグループ

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関連情報:EMDBヘッダ

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