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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q4b | ||||||
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タイトル | Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((methyl(prop-2-yn-1-yl)amino)methyl)thiazol-4-yl)-5-(3-(2-nitrophenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-163.1) | ||||||
要素 | Endothiapepsin | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Endothiapepsin / ligand complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller, J.M. / Eckelt, S. / Klebe, G. / Glinca, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structures of Endothiapepsin with ligands derived from merged fragment hits 著者: Mueller, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q4b.cif.gz | 163.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q4b.ent.gz | 104.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q4b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q4b_validation.pdf.gz | 728.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q4b_full_validation.pdf.gz | 729.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8q4b_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q4b_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q4b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pxiC 8q0vC 8q0wC 8q0xC 8q0yC 8q0zC 8q10C 8q11C 8q12C 8q13C 8q14C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, EC: 3.4.23.22 |
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-非ポリマー , 6種, 257分子
#2: 化合物 | ChemComp-JCI / ( 分子量: 426.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N6O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein at 5 mg/mL in 100 mM ammoniumacetate pH 4.6, reservoir: 100 mM ammoniumacetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 24 % PEG4000, 292 K, 2+2 yL drops over 1 mL reservoir, streak seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.688813 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.688813 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 75363 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.73 % / Biso Wilson estimate: 15.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.36 Å / 冗長度: 3.68 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 11963 / CC1/2: 0.615 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.28→36.68 Å / SU ML: 0.1651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.0949 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.28→36.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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