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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q43 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cA4-bound Can2 (E341A) in complex with oligo-C DNA | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / Can2 / cyclic oligoadenylates / cA4 / CARF / CRISPR ancillary nuclease / Protein-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jungfer, K. / Sigg, A. / Jinek, M. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Substrate selectivity and catalytic activation of the type III CRISPR ancillary nuclease Can2. 著者: Jungfer, K. / Sigg, A. / Jinek, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 420.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 302.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51342.438 Da / 分子数: 2 / 変異: E341A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Thebr_0943 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 1690.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() #3: RNA鎖 | | タイプ: Polycyclic / クラス: Antiviral / 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. Antiviral in context of signalling for Type III CRISPR-Cas systems. 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002431 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic ...CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic oligoadenylate signaling was found to be essential for the type III system against the jumbo phage. | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 % / 解説: plate-shaped crystals |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM Tris pH 8, 17.1% (v/v) PEG 550 MME, 4.3% (w/v) PEG 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→49.1 Å / Num. obs: 33741 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08559 / Rpim(I) all: 0.03553 / Rrim(I) all: 0.09281 / Net I/σ(I): 13.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.362 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.6021 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique obs: 3660 / CC1/2: 0.918 / Rpim(I) all: 0.244 / Rrim(I) all: 0.6503 / % possible all: 99.84 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→49.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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