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万見
- PDB-8q3k: The open state of the ASFV apo-RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q3k
タイトルThe open state of the ASFV apo-RNA polymerase
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 7
  • Uncharacterized protein C122R
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / ASFV / eukaryotic virus
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / viral transcription / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...DNA-templated viral transcription / viral transcription / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. ...RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase RPB6 homolog / DNA-directed RNA polymerase RPB1 homolog / DNA-directed RNA polymerase RPB2 homolog / DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog / Uncharacterized protein C122R / DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog / DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog / DNA-directed RNA polymerase RPB7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus BA71V (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Pilotto, S. / Sykora, M. / Cackett, G. / Werner, F.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X017028/1 英国
Wellcome TrustWT207446/Z/17/Z 英国
Wellcome TrustWT108877/B/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the recombinant RNA polymerase from African Swine Fever Virus.
著者: Simona Pilotto / Michal Sýkora / Gwenny Cackett / Christopher Dulson / Finn Werner /
要旨: African Swine Fever Virus is a Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus that causes an incurable haemorrhagic fever in pigs with a high impact on global food security. ASFV replicates in the cytoplasm of ...African Swine Fever Virus is a Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus that causes an incurable haemorrhagic fever in pigs with a high impact on global food security. ASFV replicates in the cytoplasm of the infected cell and encodes its own transcription machinery that is independent of cellular factors, however, not much is known about how this system works at a molecular level. Here, we present methods to produce recombinant ASFV RNA polymerase, functional assays to screen for inhibitors, and high-resolution cryo-electron microscopy structures of the ASFV RNAP in different conformational states. The ASFV RNAP bears a striking resemblance to RNAPII with bona fide homologues of nine of its twelve subunits. Key differences include the fusion of the ASFV assembly platform subunits RPB3 and RPB11, and an unusual C-terminal domain of the stalk subunit vRPB7 that is related to the eukaryotic mRNA cap 2´-O-methyltransferase 1. Despite the high degree of structural conservation with cellular RNA polymerases, the ASFV RNAP is resistant to the inhibitors rifampicin and alpha-amanitin. The cryo-EM structures and fully recombinant RNAP system together provide an important tool for the design, development, and screening of antiviral drugs in a low biosafety containment environment.
履歴
登録2023年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase RPB1 homolog
B: DNA-directed RNA polymerase RPB2 homolog
C: DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog
D: DNA-directed RNA polymerase RPB7 homolog
E: DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog
F: DNA-directed RNA polymerase RPB6 homolog
I: Uncharacterized protein C122R
J: DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,94315
ポリマ－445,5268
非ポリマー4177
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, the sample was monodispersed in both SEC purification and on the grid
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCDEFJ

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase RPB1 homolog / RPB1 homolog


分子量: 163936.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-99, NP1450L / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42486, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase RPB2 homolog


分子量: 140119.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was expressed with a His-ZZ tag at the N-terminus. The tag was cleaved during purification using TEV protease which left a G at the beginning of the correct sequence
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-053 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42487
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase RPB3-11 homolog


分子量: 41352.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-113 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q65184
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase RPB7 homolog


分子量: 38789.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-105 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q89907
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase RPB5 homolog


分子量: 23693.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-108 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q65181
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase RPB6 homolog


分子量: 16704.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-069 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42484
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase RPB10 homolog


分子量: 9098.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-95 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42488

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タンパク質 , 1種, 1分子 I

#7: タンパク質 Uncharacterized protein C122R


分子量: 11831.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: Ba71V-065 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q65157

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非ポリマー , 2種, 7分子

#9: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever Virus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.45 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: African swine fever virus BA71V (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株: High Five / プラスミド: pBIG2
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMtrisC4H11NO31
2250 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
40.1 mMzinc sulfateZnSO41
51 mMDTTC4H10O2S21
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisparse
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 48.152 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 14638
詳細: Images were collected in movie-mode for a total of 50 frames per image. The data collection was carried out in super-resolution mode and binned 2 on-the-fly.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Topaz粒子像選択
2EPU2画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7PHENIX1.2モデルフィッティングDock in map
9cryoSPARC3初期オイラー角割当2/3D classifications and 3DVA
10RELION4初期オイラー角割当3D refinement and post-processing
11RELION4最終オイラー角割当3D refinement
13RELION4３次元再構成3D refinement
14PHENIX1.2モデル精密化real space refinement
15Coot0.9.8.7モデル精密化for manual editing
画像処理詳細: Images were motion corrected in Relion v4
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4842857
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 352192 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 84.5995 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
原子モデル構築Accession code: 8Q3B
詳細: The complete biological assembly for the PDB entry 8Q3B was used for the docking in the new map
Source name: Other / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00329541
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50939994
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.7283967
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0434553
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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