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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q3j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mIL-38 in complex with a neutralizing Fab e04 fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | CYTOKINE / IL-38 / Fab / anti-tumor Immunity / Neutralizing antibody / Chemotherapy | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interleukin-38 signaling / Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor binding / inflammatory response to antigenic stimulus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of gene expression / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Garcia-Pardo, J. / Da Silva, P. / Mora, J. / Wiechmann, S. / Putyrski, M. / You, X. / Kannt, A. / Ernst, A. / Brune, B. / Weigert, A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2024 タイトル: Neutralizing IL-38 activates gamma delta T cell-dependent antitumor immunity and sensitizes for chemotherapy. 著者: da Silva, P. / Mora, J. / You, X. / Wiechmann, S. / Putyrski, M. / Garcia-Pardo, J. / Kannt, A. / Ernst, A. / Bruene, B. / Weigert, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q3j.cif.gz | 269.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q3j.ent.gz | 184.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q3j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q3j_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q3j_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q3j_validation.xml.gz | 42.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q3j_validation.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17095.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il1f10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8R459 #2: 抗体 | 分子量: 24599.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 25652.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27.5% (w/v) PEG 1500 100 mM SPG buffer, pH 8.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→70.11 Å / Num. obs: 50677 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 55.59 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.41 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.49 Å / Num. unique obs: 8129 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→70.11 Å / SU ML: 0.3854 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.3593 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→70.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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