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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q3d | |||||||||||||||
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タイトル | HsNMT1 in complex with both MyrCoA and GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / E-MYRISTOYLATION / NMT / MYRISTOYLTRANSFERASE TYPE1 / ACYLTRANSFERASE / GNAT / GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASES | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane ...myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / in utero embryonic development / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) unidentified (未定義) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Dian, C. / Giglione, C. / Meinnel, T. | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: HsNMT1 in complex with both MyrCoA and GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide 著者: Dian, C. / Giglione, C. / Meinnel, T. / Riviere, F. / Dutheil, F.R. / Monassa, P. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q3d.cif.gz | 236.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q3d.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8q3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q3d_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q3d_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q3d_validation.xml.gz | 37.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q3d_validation.cif.gz | 54.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 46408.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30419 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46407.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30419 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 909.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 596分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, and 18-24% (w/v) PEG 6K or 8K PH範囲: 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→48.78 Å / Num. obs: 45961 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 18.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 29.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 13 / Num. unique obs: 3507 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→47.67 Å / SU ML: 0.1781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.351 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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