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- PDB-8q3d: HsNMT1 in complex with both MyrCoA and GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q3d
タイトルHsNMT1 in complex with both MyrCoA and GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide
要素
  • (Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase ...) x 2
  • GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide
キーワードTRANSFERASE / E-MYRISTOYLATION / NMT / MYRISTOYLTRANSFERASE TYPE1 / ACYLTRANSFERASE / GNAT / GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASES
機能・相同性
機能・相同性情報


myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity ...myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / eNOS activation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / in utero embryonic development / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / MYRISTIC ACID / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Dian, C. / Giglione, C. / Meinnel, T.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE44-0013 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-2010-BLAN-1611-01 フランス
Fondation ARCARCPJA32020060002137 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Novel, tightly structurally related N-myristoyltransferase inhibitors display equally potent yet distinct inhibitory mechanisms.
著者: Riviere, F. / Dian, C. / Dutheil, R.F. / Monassa, P. / Giglione, C. / Meinnel, T.
履歴
登録2023年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年2月26日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
C: GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide
D: GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,09815
ポリマ－94,6324
非ポリマー2,46711
水10,539585
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
C: GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5327
ポリマ－47,3162
非ポリマー1,2165
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16520 Å2
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
D: GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5668
ポリマ－47,3152
非ポリマー1,2516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.800, 178.340, 58.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1


分子量: 46408.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30419
#2: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1


分子量: 46407.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30419

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド GNCFSKPR(NH2) inhibitor peptide


分子量: 908.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 596分子

#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MgCl2, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, and 18-24% (w/v) PEG 6K or 8K
PH範囲: 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.78 Å / Num. obs: 45961 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 18.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 13 / Num. unique obs: 3507 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→47.67 Å / SU ML: 0.1781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.351
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1867 2294 5 %
Rwork0.1424 43584 -
obs0.1446 45878 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6429 0 153 585 7167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00686838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85379311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05271010
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3722509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.22481340.15392541X-RAY DIFFRACTION95.37
2.2-2.250.19541430.14272711X-RAY DIFFRACTION99.96
2.25-2.30.22061400.14912672X-RAY DIFFRACTION99.93
2.3-2.370.21441420.14522700X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.440.22651440.15012722X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.510.2151420.15152699X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.19881410.15542688X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.710.21521430.1522721X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.830.2111440.1532733X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.980.1911430.15192720X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.170.18941440.15362727X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.410.20281450.14532761X-RAY DIFFRACTION99.97
3.41-3.760.15751420.13292682X-RAY DIFFRACTION98.12
3.76-4.30.16531440.1212748X-RAY DIFFRACTION98.6
4.3-5.410.14161480.11782812X-RAY DIFFRACTION99.97
5.42-47.670.17031550.15882947X-RAY DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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