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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q3b | ||||||||||||
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タイトル | The closed state of the ASFV apo-RNA polymerase | ||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase / ASFV / eukaryotic virus | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-templated viral transcription / viral transcription / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...DNA-templated viral transcription / viral transcription / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | ||||||||||||
![]() | Pilotto, S. / Sykora, M. / Cackett, G. / Werner, F. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the recombinant RNA polymerase from African Swine Fever Virus. 著者: Simona Pilotto / Michal Sýkora / Gwenny Cackett / Christopher Dulson / Finn Werner / ![]() 要旨: African Swine Fever Virus is a Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus that causes an incurable haemorrhagic fever in pigs with a high impact on global food security. ASFV replicates in the cytoplasm of ...African Swine Fever Virus is a Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus that causes an incurable haemorrhagic fever in pigs with a high impact on global food security. ASFV replicates in the cytoplasm of the infected cell and encodes its own transcription machinery that is independent of cellular factors, however, not much is known about how this system works at a molecular level. Here, we present methods to produce recombinant ASFV RNA polymerase, functional assays to screen for inhibitors, and high-resolution cryo-electron microscopy structures of the ASFV RNAP in different conformational states. The ASFV RNAP bears a striking resemblance to RNAPII with bona fide homologues of nine of its twelve subunits. Key differences include the fusion of the ASFV assembly platform subunits RPB3 and RPB11, and an unusual C-terminal domain of the stalk subunit vRPB7 that is related to the eukaryotic mRNA cap 2´-O-methyltransferase 1. Despite the high degree of structural conservation with cellular RNA polymerases, the ASFV RNAP is resistant to the inhibitors rifampicin and alpha-amanitin. The cryo-EM structures and fully recombinant RNAP system together provide an important tool for the design, development, and screening of antiviral drugs in a low biosafety containment environment. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 743.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 592.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 101.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 155.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18120MC ![]() 8q3kC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCDEFJ
#1: タンパク質 | 分子量: 163936.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ba71V-99, NP1450L / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 140119.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The protein was tagged at the N-terminus with a His-ZZ cleavable tag. The tag was cleaved with TEV protease leaving a G as the first residue 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ba71V-053 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 41352.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ba71V-113 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 38789.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ba71V-105 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 23693.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ba71V-108 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 16704.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ba71V-069 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 9098.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ba71V-95 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 I
#7: タンパク質 | 分子量: 11831.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ba71V-065 / プラスミド: pBIG2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 7分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-ZN / #10: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: apo-form of the 8-subunit RNA polymerase from African Swine Fever Virus タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisparse | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: The grid was covered with freshly prepared graphene oxide prior to use グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 48.152 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 14638 詳細: Images were collected in movie-mode for a total of 50 frames per image. The data collection was carried out in super-resolution mode and binned 2 on-the-fly. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images were motion corrected in Relion v4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4842857 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 467000 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 113 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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