[日本語] English
万見
- PDB-8q30: Sulfolobus acidocaldarius AAP filament. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q30
タイトルSulfolobus acidocaldarius AAP filament.
要素DUF4352 domain-containing protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / N-glycosylation
機能・相同性Immunoglobulin-like fold / membrane / DUF4352 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Isupov, M.N. / Gaines, M. / Daum, B. / McLaren, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)109784European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: CryoEM reveals the structure of an archaeal pilus involved in twitching motility.
著者: Matthew C Gaines / Shamphavi Sivabalasarma / Michail N Isupov / Risat Ul Haque / Mathew McLaren / Cyril Hanus / Vicki A M Gold / Sonja-Verena Albers / Bertram Daum /
要旨: Amongst the major types of archaeal filaments, several have been shown to closely resemble bacterial homologues of the Type IV pili (T4P). Within Sulfolobales, member species encode for three types ...Amongst the major types of archaeal filaments, several have been shown to closely resemble bacterial homologues of the Type IV pili (T4P). Within Sulfolobales, member species encode for three types of T4P, namely the archaellum, the UV-inducible pilus system (Ups) and the archaeal adhesive pilus (Aap). Whereas the archaellum functions primarily in swimming motility, and the Ups in UV-induced cell aggregation and DNA-exchange, the Aap plays an important role in adhesion and twitching motility. Here, we present a cryoEM structure of the Aap of the archaeal model organism Sulfolobus acidocaldarius. We identify the component subunit as AapB and find that while its structure follows the canonical T4P blueprint, it adopts three distinct conformations within the pilus. The tri-conformer Aap structure that we describe challenges our current understanding of pilus structure and sheds new light on the principles of twitching motility.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DUF4352 domain-containing protein
B: DUF4352 domain-containing protein
C: DUF4352 domain-containing protein
D: DUF4352 domain-containing protein
E: DUF4352 domain-containing protein
F: DUF4352 domain-containing protein
G: DUF4352 domain-containing protein
H: DUF4352 domain-containing protein
I: DUF4352 domain-containing protein
J: DUF4352 domain-containing protein
K: DUF4352 domain-containing protein
L: DUF4352 domain-containing protein
M: DUF4352 domain-containing protein
N: DUF4352 domain-containing protein
O: DUF4352 domain-containing protein
P: DUF4352 domain-containing protein
Q: DUF4352 domain-containing protein
R: DUF4352 domain-containing protein
S: DUF4352 domain-containing protein
T: DUF4352 domain-containing protein
U: DUF4352 domain-containing protein
V: DUF4352 domain-containing protein
W: DUF4352 domain-containing protein
X: DUF4352 domain-containing protein
Y: DUF4352 domain-containing protein
Z: DUF4352 domain-containing protein
a: DUF4352 domain-containing protein
b: DUF4352 domain-containing protein
c: DUF4352 domain-containing protein
d: DUF4352 domain-containing protein
e: DUF4352 domain-containing protein
f: DUF4352 domain-containing protein
g: DUF4352 domain-containing protein
h: DUF4352 domain-containing protein
i: DUF4352 domain-containing protein
j: DUF4352 domain-containing protein
k: DUF4352 domain-containing protein
l: DUF4352 domain-containing protein
m: DUF4352 domain-containing protein
n: DUF4352 domain-containing protein
o: DUF4352 domain-containing protein
p: DUF4352 domain-containing protein
q: DUF4352 domain-containing protein
r: DUF4352 domain-containing protein
s: DUF4352 domain-containing protein
t: DUF4352 domain-containing protein
u: DUF4352 domain-containing protein
v: DUF4352 domain-containing protein
w: DUF4352 domain-containing protein
x: DUF4352 domain-containing protein
y: DUF4352 domain-containing protein
z: DUF4352 domain-containing protein
1: DUF4352 domain-containing protein
2: DUF4352 domain-containing protein
3: DUF4352 domain-containing protein
4: DUF4352 domain-containing protein
5: DUF4352 domain-containing protein
6: DUF4352 domain-containing protein
7: DUF4352 domain-containing protein
8: DUF4352 domain-containing protein
9: DUF4352 domain-containing protein
0: DUF4352 domain-containing protein
LA: DUF4352 domain-containing protein
LB: DUF4352 domain-containing protein
LC: DUF4352 domain-containing protein
LD: DUF4352 domain-containing protein
LE: DUF4352 domain-containing protein
LF: DUF4352 domain-containing protein
LG: DUF4352 domain-containing protein
LH: DUF4352 domain-containing protein
LI: DUF4352 domain-containing protein
LJ: DUF4352 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,108,644288
ポリマ－1,020,74672
非ポリマー87,899216
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 ...
DUF4352 domain-containing protein


分子量: 14177.022 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
参照: UniProt: A0A0U3GLH8
#2: 多糖...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖...
6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 650.606 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_6*SO/2=O/2=O]/1-1-2/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp6SH]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 42.33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 6272

-
解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -39.879 ° / 軸方向距離/サブユニット: 15.403 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 947729 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
詳細: Jligand was used for preparing dictionaries for an unusual sugars
精密化解像度: 3.22→3.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.838 / SU B: 7.068 / SU ML: 0.116 / ESU R: 0.112
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.38727 --
obs0.38727 9846465 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 74.836 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20.17 Å2-0.06 Å2
2---0.09 Å2-0.12 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 77784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.01279512
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.8851.736109728
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.675510080
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg33.72724.1942232
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.8351510512
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg7.81615144
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1010.213536
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.0256952
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.0356.07340536
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it8.9759.11350544
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it7.2538.7138976
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined20.536299551
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.501 730550 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る