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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q2w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YTHDC1 in complex with Compound 8 (CS_01) | ||||||
![]() | YTH domain-containing protein 1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / inhibitor / complex / reader | ||||||
機能・相同性 | ![]() primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / mRNA splice site recognition / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome / spermatogenesis / in utero embryonic development / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bedi, R.K. / Zalesak, F. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design of a Potent and Selective YTHDC1 Ligand. 著者: Zalesak, F. / Nai, F. / Herok, M. / Bochenkova, E. / Bedi, R.K. / Li, Y. / Errani, F. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8q2qC ![]() 8q2rC ![]() 8q2sC ![]() 8q2tC ![]() 8q2uC ![]() 8q2vC ![]() 8q2xC ![]() 8q2yC ![]() 8q31C ![]() 8q32C ![]() 8q33C ![]() 8q35C ![]() 8q37C ![]() 8q38C ![]() 8q39C ![]() 8q3aC ![]() 8q3gC ![]() 8q4mC ![]() 8q4nC ![]() 8q4pC ![]() 8q4qC ![]() 8q4rC ![]() 8q4tC ![]() 8q4uC ![]() 8q4vC ![]() 8q4wC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18823.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→38.56 Å / Num. obs: 61956 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.35 % / Biso Wilson estimate: 22.96 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.88 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.5 Å / Num. unique obs: 9911 / CC1/2: 0.751 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→38.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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