PDB-8q2q: Crystal structure of YTHDC1 in complex with Compound 2b (YL_32)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q2q

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 in complex with Compound 2b (YL_32)

要素

YTH domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / inhibitor / complex / reader

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / dosage compensation by inactivation of X chromosome / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Li, Y. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Design of a Potent and Selective YTHDC1 Ligand.
著者: Zalesak, F. / Nai, F. / Herok, M. / Bochenkova, E. / Bedi, R.K. / Li, Y. / Errani, F. / Caflisch, A.

履歴

登録	2023年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q2q.cif.gz	108.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q2q.ent.gz	66.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q2q_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q2q_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8q2q_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	8q2q_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/8q2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/8q2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q2rC 8q2sC 8q2tC 8q2uC 8q2vC 8q2wC 8q2xC 8q2yC 8q31C 8q32C 8q33C 8q35C 8q37C 8q38C 8q39C 8q3aC 8q3gC 8q4mC 8q4nC 8q4pC 8q4qC 8q4rC 8q4tC 8q4uC 8q4vC 8q4wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTH domain-containing protein 1

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.980, 103.410, 42.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTH domain-containing protein 1 / Splicing factor YT521 / YT521-B 分子量: 18823.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC1, KIAA1966, YT521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-IT6 / 2-chloranyl-~{N},9-dimethyl-purin-6-amine 分子量: 197.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈ClN₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→40.75 Å / Num. obs: 81179 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.35 % / B_iso Wilson estimate: 17.96 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.18
反射シェル	解像度: 1.3→1.38 Å / Num. unique obs: 12993 / CC_1/2: 0.692

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→40.75 Å / SU ML: 0.1658 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.8334
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	4041	5 %
R_work	0.2157	76738	-
obs	0.2163	80779	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2575	0	66	403	3044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	2715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9435	3681
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0851	394
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	458
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.8109	352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.31	0.3925	127	0.4097	2432	X-RAY DIFFRACTION	91.95
1.31-1.33	0.4759	141	0.3857	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.33-1.35	0.3893	138	0.3883	2612	X-RAY DIFFRACTION	98.99
1.35-1.36	0.3601	140	0.3578	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.36-1.38	0.3707	139	0.3562	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
1.38-1.4	0.3554	137	0.3391	2606	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.4-1.42	0.3196	139	0.3287	2654	X-RAY DIFFRACTION	98.73
1.42-1.44	0.3678	138	0.3115	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.28
1.44-1.47	0.3542	141	0.3028	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.47-1.49	0.2955	140	0.2898	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.49-1.52	0.3117	139	0.267	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.52-1.55	0.2584	139	0.2536	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.55-1.58	0.2612	139	0.2567	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.58-1.62	0.2634	141	0.2522	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.62-1.65	0.2872	139	0.2454	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.65-1.69	0.2684	140	0.2466	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.69-1.74	0.2694	139	0.2353	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.74-1.79	0.287	139	0.2462	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.79-1.85	0.2837	141	0.251	2665	X-RAY DIFFRACTION	98.98
1.85-1.92	0.2596	141	0.2353	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.92-1.99	0.2337	139	0.2278	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.99-2.08	0.1854	139	0.2137	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.08-2.19	0.2386	140	0.2142	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.19-2.33	0.2218	142	0.2124	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.33-2.51	0.2331	140	0.2155	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.51-2.76	0.2378	139	0.2189	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.76-3.16	0.2159	140	0.209	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.16-3.98	0.1954	142	0.1818	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.98-40.75	0.156	143	0.1614	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.37

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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