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- PDB-8q2i: Crystal structure of Ser33 in complex 2HG (2-hydroxyglutarate) an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q2i
タイトルCrystal structure of Ser33 in complex 2HG (2-hydroxyglutarate) and Serine
要素D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Enzyme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-ketoglutarate reductase activity / 2-oxoglutarate reductase / phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / L-serine biosynthetic process / NAD binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / ACT domain profile. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain ...: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / ACT domain profile. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / ACT-like domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2-hydroxypentanedioic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SERINE / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Perrone, S. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Mastrella, L. / Trastoy, B. / Linster, C.L. / Guerin, M.E.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO) スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ser33 in complex 2HG (2-hydroxyglutarate) and Serine
著者: Perrone, S. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Mastrella, L. / Trastoy, B. / Linster, C.L. / Guerin, M.E.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
C: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
D: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
E: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
F: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
G: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
H: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,68528
ポリマ－409,9448
非ポリマー6,74120
水3,279182
1
A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
C: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
D: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,19413
ポリマ－204,9724
非ポリマー3,2229
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25760 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area69680 Å2
手法PISA
2
E: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
F: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
G: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
H: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,49115
ポリマ－204,9724
非ポリマー3,51811
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25000 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area68850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.292, 112.378, 117.358
Angle α, β, γ (deg.)64.990, 66.560, 67.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

#1: タンパク質
D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2 / 3-PGDH 2 / 2-oxoglutarate reductase


分子量: 51243.039 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SER33, YIL074C
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P40510, phosphoglycerate dehydrogenase, 2-oxoglutarate reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-2HG / (2R)-2-hydroxypentanedioic acid / D-2-ヒドロキシグルタル酸


分子量: 148.114 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 20 % w/v PEG 3350 7.4 mg/ml of protein in 25 mM Tris pH=7.5 and 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→20.02 Å / Num. obs: 146160 / % possible obs: 97.21 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.55
反射 シェル解像度: 2.51→2.6 Å / Num. unique obs: 14197 / CC1/2: 0.661

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→20.02 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 --
Rwork0.2357 --
obs-7403 97.03 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→20.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26733 0 448 182 27363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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