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- PDB-8q2d: Crystal structure of the E. coli PqiC Lipoprotein residues 17-187 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q2d
タイトルCrystal structure of the E. coli PqiC Lipoprotein residues 17-187
要素Intermembrane transport lipoprotein PqiC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Outermembrane lipoprotein
機能・相同性: / ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / membrane organization / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / Intermembrane transport lipoprotein PqiC
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Cooper, B.F. / Knowles, T.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M01116X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S017283/1 英国
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2024
タイトル: An octameric PqiC toroid stabilises the outer-membrane interaction of the PqiABC transport system.
著者: Cooper, B.F. / Ratkeviciute, G. / Clifton, L.A. / Johnston, H. / Holyfield, R. / Hardy, D.J. / Caulton, S.G. / Chatterton, W. / Sridhar, P. / Wotherspoon, P. / Hughes, G.W. / Hall, S.C. / ...著者: Cooper, B.F. / Ratkeviciute, G. / Clifton, L.A. / Johnston, H. / Holyfield, R. / Hardy, D.J. / Caulton, S.G. / Chatterton, W. / Sridhar, P. / Wotherspoon, P. / Hughes, G.W. / Hall, S.C. / Lovering, A.L. / Knowles, T.J.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intermembrane transport lipoprotein PqiC
B: Intermembrane transport lipoprotein PqiC
C: Intermembrane transport lipoprotein PqiC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3613
ポリマ－57,3613
非ポリマー00
水5,675315
1
A: Intermembrane transport lipoprotein PqiC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1201
ポリマ－19,1201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intermembrane transport lipoprotein PqiC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1201
ポリマ－19,1201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Intermembrane transport lipoprotein PqiC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1201
ポリマ－19,1201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.603, 133.603, 65.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 22 through 187)
d_3ens_1(chain "C" and resid 22 through 187)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 22 - 187 / Label seq-ID: 8 - 173

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.492723231208, 0.866200813077, -0.0831863501622), (-0.85831046013, 0.499512630595, 0.117432048044), (0.143272368096, 0.0135382163246, 0.989590695813)66.6291157336, 38.6466420637, -17.7833478224
2given(-0.87449395915, 0.46416002707, 0.140768550042), (-0.461838619495, -0.885510997944, 0.0507480252106), (0.148207303982, -0.0206335113343, 0.98874104459)77.0273478884, -5.13950550339, 17.7515449257

-
要素

#1: タンパク質 Intermembrane transport lipoprotein PqiC


分子量: 19120.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pqiC, ymbA, b0952, JW5127 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AB10
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M MES; pH 6.5, 33% v/v PEG 400, 4% v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→43.73 Å / Num. obs: 67192 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 46.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.79
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / Num. unique obs: 450 / CC1/2: 0.613

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→43.73 Å / SU ML: 0.2698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.5452
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 1683 4.97 %
Rwork0.2037 32165 -
obs0.2049 33848 83.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3640 0 0 315 3955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00493715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80025080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.38491335
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.976124948477
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.77489270526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.140.39650.3444156X-RAY DIFFRACTION4.86
2.14-2.210.3656370.3039533X-RAY DIFFRACTION17.28
2.21-2.290.32371580.30752632X-RAY DIFFRACTION82.59
2.29-2.380.30211730.26533160X-RAY DIFFRACTION99.97
2.38-2.490.26121690.25833167X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.620.28341530.25533222X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.780.30961810.24963151X-RAY DIFFRACTION100
2.78-30.30241850.24573177X-RAY DIFFRACTION100
3-3.30.26511570.22813211X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.780.23331540.19143216X-RAY DIFFRACTION99.97
3.78-4.760.16721600.16073234X-RAY DIFFRACTION100
4.76-43.730.18191510.17783306X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.848749503741.4876739022-1.846286205965.351876562612.483820905385.837885191690.230812319475-0.1440211727960.352964338614-0.06364976288910.156996683801-0.170898691055-0.1400540353470.422760764984-0.3536439871560.2443562903950.0381537905830.01886569950640.398600995360.02419454117680.43958498959253.3152052423-18.7290456444.58393408595
21.12099279956-0.263973796107-0.5447269234923.581307953632.377704268513.977988869150.1125186297640.02872875326470.187608133041-0.1449349763010.13164531204-0.0821894012722-0.1753974609820.0244034691042-0.2567341462450.3169089624660.0452396393720.01943728157450.3652383102020.08074479913710.39642944790947.9622460393-22.1876489997.61552466148
32.554980901880.8784418133420.2216930183683.036617480041.886483502095.398895219230.2072012553310.1417635478990.168267080519-0.0243791613893-0.1013000280940.1815586387860.217530416046-0.6989955386810.08879804185810.3491333205430.1208647140450.05072071552870.4758837424520.09451883282450.47013900724939.0006238131-21.5757909229.03592634102
41.81485498297-1.18137196593-1.257120483844.293788779833.370774529225.638499106590.4757434123870.4138578822690.31855142783-0.198905342294-0.2631654966750.167086366222-0.484502185768-0.943332437963-0.0108460561780.3901616442120.08505648052210.05472803619490.424777168010.09613785922730.46175335218940.7799101939-16.19845817116.03837177686
56.26292694461-1.75442843611.646459622867.25348756109-0.1680479886791.960123876430.2618226721380.606216106144-1.39494572963-0.4198576888940.07125943931640.3895676022970.402549150435-0.989929125847-0.4422132834370.455716173235-0.02480496611440.01031482585330.593487353645-0.06320871536130.58734534180871.9125802089-24.894927139-20.3046367739
62.654067660950.7941737606290.510415562352.54681505423-0.09210294295350.843956645342-0.0274040603582-0.392956503476-0.00190731276810.4667905771530.0963198291067-0.492213326791-0.8734845485750.863260688523-0.002005126175280.769450329654-0.2393751654370.02245598618650.601456178764-0.1208789611720.54105716169277.8354921574-12.1268267767-0.217190227533
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82.89309004560.06510176161950.645695472872.70265964145-0.7851949932353.27867363714-0.0854146513084-0.01550075041510.08062893627080.2322922194240.0896060607649-0.419655048649-0.756954841370.5622152676290.06419206943770.55085552779-0.133725317120.009734168347950.425254536072-0.01182254985210.48344873057776.6700515998-13.8186491752-5.90317236916
92.270281763790.331055365416-0.3827281525624.20360494355-0.06310936996042.822785820310.116679373962-0.255060019350.4840140528180.7481801806910.0138736606442-0.113068039339-1.399558097480.792657092776-0.07272350747420.905356159335-0.2339344291630.152703876480.515069862405-0.03442518803110.47418918416472.4507009094-7.724076987071.0255406108
103.534953629420.6089785594521.828002245392.890811910730.2586511104111.914642827590.386771973619-0.392610737520.8484638019390.938720032783-0.6524761099050.799244664939-0.3214074960390.08315712372550.2122993026641.24318261925-0.03610048663680.184230330950.452548413552-0.101287231450.55885498051366.8619288863-2.782309712832.98998344118
112.747078038781.171607400572.754395246782.11134134879-0.1730187076623.8859800758-0.7336740518571.38863038526-0.049034361329-0.7758189497070.02740377254110.166039706467-1.0710997130.318475154370.444577896710.970233192847-0.078581734856-0.04626435324960.544601277501-0.008096506062460.44909149959864.3854537286-10.3832053156-23.0796734237
123.227113049661.215612624171.023343242593.814453644732.562115869742.389383749550.415257662298-0.03732340913640.7651471691250.424575341026-0.4675583522170.130512391736-1.53554421194-0.0725053454399-0.0001701399043021.24381561424-0.2324906062980.2202335177350.3062506007160.02090766868460.48245660460772.2233415186-3.77974615583-6.30987803886
134.69523158953-0.3230615223115.24619982151.535561396260.2642740267039.837278172590.2644720838270.983958750958-0.6056078422280.084014437893-0.3029628005780.0700573932112-0.04937918251551.054695865810.04098087054010.27500066899-0.0318996246158-0.01507798869780.3815440022990.01868090997440.42360003709519.091888538-11.712678062121.8557294757
143.36925330547-1.16796287130.2336358315493.0546574362-0.3962643975292.685281732260.0328707557272-0.428387347244-0.3607103782030.1501272801470.06337769167980.2093410226640.234577809348-0.0812143582333-0.08675139232150.317549911789-0.01009735630440.01364087075880.3445401139520.01171086574310.31989417798924.1449267439-9.6605783082433.1293938684
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164.40245651593-0.5705028633561.637066464084.03557379462-2.427442818515.13658128718-0.355694546827-0.01220765367610.1293952476250.070732006071-0.0445193435137-0.53469859397-0.03457524356140.5332589243720.2697662285790.4269165284670.04222487456450.04162895976850.399676190724-0.004663941714450.41286509140934.5928680279-9.2703168220929.9676316288
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 22 through 53 )AA22 - 531 - 19
22chain 'A' and (resid 54 through 141 )AA54 - 14120 - 107
33chain 'A' and (resid 142 through 160 )AA142 - 160108 - 126
44chain 'A' and (resid 161 through 187 )AA161 - 187127 - 153
55chain 'B' and (resid 21 through 26 )BB21 - 261 - 6
66chain 'B' and (resid 27 through 53 )BB27 - 537 - 20
77chain 'B' and (resid 54 through 76 )BB54 - 7621 - 43
88chain 'B' and (resid 77 through 98 )BB77 - 9844 - 65
99chain 'B' and (resid 99 through 141 )BB99 - 14166 - 108
1010chain 'B' and (resid 142 through 155 )BB142 - 155109 - 122
1111chain 'B' and (resid 156 through 160 )BB156 - 160123 - 127
1212chain 'B' and (resid 161 through 187 )BB161 - 187128 - 154
1313chain 'C' and (resid 21 through 45 )CC21 - 451 - 12
1414chain 'C' and (resid 46 through 113 )CC46 - 11313 - 80
1515chain 'C' and (resid 114 through 160 )CC114 - 16081 - 127
1616chain 'C' and (resid 161 through 187 )CC161 - 187128 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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