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- PDB-8q2a: TtX122B - A domain of unknown function from the Teredinibacter tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q2a
タイトルTtX122B - A domain of unknown function from the Teredinibacter turnerae protein TERTU_2913
要素Putative lipoprotein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta-jelly roll fold / X122 / CAZy / Teredinibacter turnerae
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cip1-like, core domain / Domain of unknown function DUF1587 / Domain of unknown function DUF1588 / Domain of unknown function DUF1592 / Domain of unknown function DUF1595 / Protein of unknown function (DUF1587) / Protein of unknown function (DUF1588) / Protein of unknown function (DUF1592) / Protein of unknown function (DUF1595) ...: / Cip1-like, core domain / Domain of unknown function DUF1587 / Domain of unknown function DUF1588 / Domain of unknown function DUF1592 / Domain of unknown function DUF1595 / Protein of unknown function (DUF1587) / Protein of unknown function (DUF1588) / Protein of unknown function (DUF1592) / Protein of unknown function (DUF1595) / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Teredinibacter turnerae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rajagopal, B.S. / Hemsworth, G.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N019970/1 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Structural dissection of two redox proteins from the shipworm symbiont Teredinibacter turnerae.
著者: Rajagopal, B.S. / Yates, N. / Smith, J. / Paradisi, A. / Tetard-Jones, C. / Willats, W.G.T. / Marcus, S. / Knox, J.P. / Firdaus-Raih, M. / Henrissat, B. / Davies, G.J. / Walton, P.H. / ...著者: Rajagopal, B.S. / Yates, N. / Smith, J. / Paradisi, A. / Tetard-Jones, C. / Willats, W.G.T. / Marcus, S. / Knox, J.P. / Firdaus-Raih, M. / Henrissat, B. / Davies, G.J. / Walton, P.H. / Parkin, A. / Hemsworth, G.R.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative lipoprotein
B: Putative lipoprotein
C: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7216
ポリマ－80,6013
非ポリマー1203
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.141, 75.324, 116.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
32A
42A
53A
63A

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSER2 - 2352 - 235
211SERSER2 - 2352 - 235
322GLYGLY3 - 2353 - 235
422GLYGLY3 - 2353 - 235
533GLYGLY3 - 2353 - 235
633GLYGLY3 - 2353 - 235

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6

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要素

#1: タンパク質 Putative lipoprotein


分子量: 26867.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Teredinibacter turnerae (バクテリア)
遺伝子: TERTU_2913 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5BNC6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 34.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 25% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.69 Å / Num. obs: 31699 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.601 / Rmerge(I) obs: 0.365 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.432 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.07-46.695.80.1335310.9640.080.156
2.2-2.275.62.304151640.7261.5682.805

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→46.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 8.434 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.248 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1583 5.006 %
Rwork0.2085 30041 -
all0.211 --
obs-31624 99.694 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.366 Å20 Å2-0 Å2
2--1.98 Å2-0 Å2
3----0.614 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5329 0 3 163 5495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0125483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0311.6367479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7231.59510747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8165695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.922512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43510744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.5710291
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2070.24628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.22672
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0940.23058
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1480.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1790.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2130.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2491.4332792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2481.4332792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3872.5573483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3872.5583484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3261.6432691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3251.6442692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0582.8743996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0572.8753997
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.28815.3375999
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.27615.3475990
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.120.057297
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1160.057303
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.110.057298
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.119650.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.119650.05008
23AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.116450.05008
24AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.116450.05008
35AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.109780.05008
36AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.109780.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2570.521180.4832141X-RAY DIFFRACTION97.7922
2.257-2.3190.3131190.2542127X-RAY DIFFRACTION100
2.319-2.3860.272900.2132130X-RAY DIFFRACTION100
2.386-2.4590.3111030.2111980X-RAY DIFFRACTION100
2.459-2.5390.2481090.21967X-RAY DIFFRACTION100
2.539-2.6280.295880.2251905X-RAY DIFFRACTION99.9499
2.628-2.7270.314720.2581841X-RAY DIFFRACTION99.3766
2.727-2.8380.23900.171779X-RAY DIFFRACTION100
2.838-2.9640.236910.1671678X-RAY DIFFRACTION100
2.964-3.1080.2321120.1581605X-RAY DIFFRACTION99.9418
3.108-3.2750.209650.1551576X-RAY DIFFRACTION99.8783
3.275-3.4730.248660.2021482X-RAY DIFFRACTION99.8066
3.473-3.7110.23650.181379X-RAY DIFFRACTION99.7927
3.711-4.0060.243830.21288X-RAY DIFFRACTION99.4199
4.006-4.3850.179810.1321184X-RAY DIFFRACTION100
4.385-4.8980.157630.1311098X-RAY DIFFRACTION100
4.898-5.6450.209490.166975X-RAY DIFFRACTION100
5.645-6.8880.237610.195828X-RAY DIFFRACTION100
6.888-9.6380.308280.219673X-RAY DIFFRACTION100
9.638-46.690.273300.236405X-RAY DIFFRACTION99.5423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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