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- PDB-8q28: Se-Met labelled TtX122A - A domain of unknown function from the T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q28
タイトルSe-Met labelled TtX122A - A domain of unknown function from the Teredinibacter turnerae protein TERTU_3803
要素Gluconolactonase domain protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta-jelly roll fold / X122 / CAZy / Teredinibacter turnerae
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1587 / Domain of unknown function DUF1588 / Domain of unknown function DUF1592 / Domain of unknown function DUF1595 / Protein of unknown function (DUF1587) / Protein of unknown function (DUF1588) / Protein of unknown function (DUF1592) / Protein of unknown function (DUF1595) / Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily ...Domain of unknown function DUF1587 / Domain of unknown function DUF1588 / Domain of unknown function DUF1592 / Domain of unknown function DUF1595 / Protein of unknown function (DUF1587) / Protein of unknown function (DUF1588) / Protein of unknown function (DUF1592) / Protein of unknown function (DUF1595) / Carbohydrate binding module family 10 / CBM10 superfamily / Cellulose or protein binding domain / Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Senescence marker protein-30 (SMP-30) / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / NHL repeat profile. / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / NHL repeat / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gluconolactonase domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Teredinibacter turnerae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rajagopal, B.S. / Hemsworth, G.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N019970/1 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Structural dissection of two redox proteins from the shipworm symbiont Teredinibacter turnerae.
著者: Rajagopal, B.S. / Yates, N. / Smith, J. / Paradisi, A. / Tetard-Jones, C. / Willats, W.G.T. / Marcus, S. / Knox, J.P. / Firdaus-Raih, M. / Henrissat, B. / Davies, G.J. / Walton, P.H. / ...著者: Rajagopal, B.S. / Yates, N. / Smith, J. / Paradisi, A. / Tetard-Jones, C. / Willats, W.G.T. / Marcus, S. / Knox, J.P. / Firdaus-Raih, M. / Henrissat, B. / Davies, G.J. / Walton, P.H. / Parkin, A. / Hemsworth, G.R.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gluconolactonase domain protein
B: Gluconolactonase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,79812
ポリマ－55,3732
非ポリマー42610
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.004, 75.443, 69.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gluconolactonase domain protein


分子量: 27686.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Teredinibacter turnerae (バクテリア)
遺伝子: TERTU_3803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5BSV8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M magnesium acetate, 15-25% PEG-3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97982, 0.98000, 0.96450
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979821
20.981
30.96451
反射解像度: 1.8→49.88 Å / Num. obs: 43829 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9-49.885.60.0473780.9950.0350.059
1.8-1.844.30.27825080.9120.2320.364

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.497 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 2157 4.924 %
Rwork0.1569 41651 -
all0.159 --
obs-43808 99.53 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.273 Å2-0 Å21.425 Å2
2---0.796 Å2-0 Å2
3----0.318 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3749 0 22 391 4162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0123885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1191.6465289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7441.5947778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4445485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.536512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4810538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.40610216
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.024836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02969
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2020.23293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21864
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0920.22060
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0960.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1060.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1620.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8112.0481928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7452.0471928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4723.6662408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4723.6672409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4572.2281957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4572.2281958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7173.9812878
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7163.9812879
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.00921.8684334
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.00921.8684334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8470.2631610.1982980X-RAY DIFFRACTION96.2021
1.847-1.8970.2321710.1672939X-RAY DIFFRACTION99.9679
1.897-1.9520.2151510.1632921X-RAY DIFFRACTION100
1.952-2.0120.2331410.1732847X-RAY DIFFRACTION99.8997
2.012-2.0780.2081680.1632733X-RAY DIFFRACTION99.9311
2.078-2.1510.221290.1592622X-RAY DIFFRACTION99.8911
2.151-2.2320.1961370.1532598X-RAY DIFFRACTION99.9269
2.232-2.3230.2011220.1462469X-RAY DIFFRACTION99.8459
2.323-2.4260.2151320.1542358X-RAY DIFFRACTION99.9599
2.426-2.5440.2171220.1542268X-RAY DIFFRACTION99.7496
2.544-2.6810.232920.1532173X-RAY DIFFRACTION99.6042
2.681-2.8430.217960.1512027X-RAY DIFFRACTION99.6714
2.843-3.0390.1971090.1531925X-RAY DIFFRACTION99.8037
3.039-3.2810.2031010.1641770X-RAY DIFFRACTION99.7335
3.281-3.5930.212820.1641674X-RAY DIFFRACTION99.8294
3.593-4.0140.195740.1591492X-RAY DIFFRACTION99.8088
4.014-4.6310.135580.131322X-RAY DIFFRACTION99.3521
4.631-5.6590.133380.1371136X-RAY DIFFRACTION99.3232
5.659-7.9520.181480.161889X-RAY DIFFRACTION99.787
7.952-49.880.156250.183508X-RAY DIFFRACTION99.8127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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