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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q20 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Vanadium-dependent haloperoxidase R425D mutant (A. marina) | ||||||
![]() | Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Vanadium / Enzyme Catalysis / Peroxidase / Halogenation / Mutant | ||||||
機能・相同性 | Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / peroxidase activity / PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zeides, P. / Bellmannn-Sickert, K. / Zhang, R. / Seel, C.J. / Most, V. / Schroeder, C.T. / Groll, M. / Gulder, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Unraveling the Molecular Basis of Substrate Specificity and Halogen Activation in Vanadium-Dependent Haloperoxidases 著者: Zeides, P. / Bellmannn-Sickert, K. / Zhang, R. / Seel, C.J. / Most, V. / Schroeder, C.T. / Groll, M. / Gulder, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 254.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 207.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8q21C ![]() 8q22C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73068.539 Da / 分子数: 1 / 変異: R452D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AM1_4975 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS, 1.25 M Ammoniumdihydrogenphosphate, 0.5 mM potassium vanadate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 15830 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Num. unique obs: 1244 / % possible all: 96.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 160.04 Å2 / Biso mean: 96.498 Å2 / Biso min: 81.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.9442 Å / Origin y: 4.7943 Å / Origin z: 44.8523 Å
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