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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q1l | |||||||||||||||
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タイトル | NMR structure of arthrofactin A in micellar DPC solution | |||||||||||||||
要素 | arthrofactin A | |||||||||||||||
キーワード | SURFACTANT PROTEIN / Non-ribosomal polypeptide / Cyclic lipodepsipeptide / Antimicrobial peptide / Biosurfactant | |||||||||||||||
機能・相同性 | polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas sp. MIS38 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | |||||||||||||||
データ登録者 | Kovacs, B. / Geudens, N. / Martins, J.C. | |||||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 4件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: NMR structure of the cyclic lipodepsipeptide arthrofactin A in micellar DPC solution 著者: Martins, J.C. / Kovacs, B. / Geudens, N. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q1l.cif.gz | 45 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q1l.ent.gz | 31 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q1l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q1l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: Polypeptide(D) | 分子量: 1372.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: 1) The polypeptide chain of arthrofactin A consists of 11 amino acids. 2) The N-terminal amino acid (D-Leu) is acylated with an (R)-3-hydroxy-decanoic acid (IG8) moeity which is indicated as ...詳細: 1) The polypeptide chain of arthrofactin A consists of 11 amino acids. 2) The N-terminal amino acid (D-Leu) is acylated with an (R)-3-hydroxy-decanoic acid (IG8) moeity which is indicated as the first residue. 3) The side-chain of the D-Thr4 residue is of allo-configuration (2TL). 4) The depsi (ester) bond is established between the ASP12 carboxyl and allo-2TL side-chain OH group. 由来: (天然) Pseudomonas sp. MIS38 (バクテリア) / 株: MIS38 |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.3 mM NA arthrofactin A, 142.8 mM [U-2H] DPC, 90% H2O/10% D2O 詳細: Arthrofactin A was dissolved in the micellar solution of uniformly deuterated dodecylphosphocholine (DPC-d38). Solvent: 10 mM Na2HPO4/NaH2PO4 buffer at pH 7.4. Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 26 (buffer only) mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: Prodigy Cryoprobe |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: The lowest energy NMR structure issued from CNS was refined in an unrestrained AMBER molecular dynamics simulation (agains the ff14SB force field). Here, we modelled the interaction of a ...詳細: The lowest energy NMR structure issued from CNS was refined in an unrestrained AMBER molecular dynamics simulation (agains the ff14SB force field). Here, we modelled the interaction of a single peptide molecule with an explicit dodecylphosphocholine (DPC) micelle. The representative peptide conformation of the trajectory (=refined structure, #1) was selected using cluster analysis. Solvent model: TIP3P. Occasional too-close contacts present in the NMR structure ensemble (structures #2-#11) are fully removed during the AMBER moleculary dynamics refinement (structure #1). Side-chain outlier values for the 2TL4 residue are the results of the depsi bond. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |