PDB-8q13: Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-5-(3-(2-amino-4-(tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q13

タイトル

Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-5-(3-(2-amino-4-(trifluoromethyl)phenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)-3-(2-((methyl(prop-2-yn-1-yl)amino)methyl)thiazol-4-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-168)

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Endothiapepsin / ligand complex

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Eckelt, S. / Klebe, G. / Glinca, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Endothiapepsin with ligands derived from merged fragment hits
著者: Mueller, J.M.

履歴

登録	2023年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q13.cif.gz	176.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q13.ent.gz	114.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q13_validation.pdf.gz	730.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q13_full_validation.pdf.gz	730.9 KB	表示
XML形式データ	8q13_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	8q13_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pxiC 8q0vC 8q0wC 8q0xC 8q0yC 8q0zC 8q10C 8q11C 8q12C 8q14C 8q4bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.875, 72.688, 52.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-IK5 / (3~{R},5~{R})-5-[3-[2-azanyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-3-[2-[[methyl(prop-2-ynyl)amino]methyl]-1,3-thiazol-4-yl]pyrrolidin-3-ol 分子量: 478.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁F₃N₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein at 5 mg/mL in 100 mM ammoniumacetate pH 4.6, reservoir: 100 mM ammoniumacetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 24 % PEG4000, 292 K, 2+2 yL drops over 1 mL reservoir, streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.688813 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.688813 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→50 Å / Num. obs: 83863 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.55 % / B_iso Wilson estimate: 13.04 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.89
反射シェル	解像度: 1.26→1.34 Å / 冗長度: 3.47 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 13570 / CC_1/2: 0.608 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.26→36.6 Å / SU ML: 0.1336 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.335
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1761	4193	5 %
R_work	0.1466	79659	-
obs	0.1481	83852	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→36.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	77	310	2757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	2546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.77	3504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0723	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5487	818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.26-1.28	0.3383	141	0.2944	2667	X-RAY DIFFRACTION	98.42
1.28-1.29	0.3319	139	0.2749	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.9
1.29-1.31	0.2903	140	0.2632	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.31-1.32	0.252	141	0.2383	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.78
1.32-1.34	0.2502	139	0.2307	2649	X-RAY DIFFRACTION	98.55
1.34-1.36	0.2527	141	0.2248	2673	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.36-1.38	0.2413	139	0.21	2643	X-RAY DIFFRACTION	97.79
1.38-1.4	0.2706	133	0.2069	2533	X-RAY DIFFRACTION	94.44
1.4-1.42	0.2382	129	0.1924	2440	X-RAY DIFFRACTION	91.1
1.42-1.45	0.2378	140	0.1816	2667	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.45-1.47	0.1897	140	0.1688	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.47-1.5	0.226	143	0.1596	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.5-1.53	0.2202	137	0.1509	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.53-1.56	0.169	142	0.1391	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.56-1.59	0.1862	141	0.1293	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.59-1.63	0.1736	140	0.1173	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.63-1.67	0.1403	141	0.1152	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.67-1.71	0.1558	142	0.1134	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.71-1.76	0.1705	141	0.1186	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.76-1.82	0.1603	142	0.1259	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.82-1.89	0.1677	141	0.1279	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.89-1.96	0.1365	141	0.1169	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.96-2.05	0.1389	140	0.1228	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.05-2.16	0.1661	141	0.1213	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.16-2.29	0.1554	141	0.1325	2666	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.29-2.47	0.1648	140	0.1431	2664	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.47-2.72	0.1882	129	0.1461	2447	X-RAY DIFFRACTION	90.23
2.72-3.11	0.1713	142	0.1525	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.11-3.92	0.1723	142	0.1425	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.92-36.6	0.149	145	0.1436	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.18

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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