PDB-8q10: Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-(hydroxymethyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q10

タイトル

Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-(hydroxymethyl)thiazol-4-yl)-5-(3-(4-(trifluoromethyl)phenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-125)

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Endothiapepsin / ligand complex

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Eckelt, S. / Klebe, G. / Glinca, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Endothiapepsin with ligands derived from merged fragment hits
著者: Mueller, J.M.

履歴

登録	2023年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q10.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q10.ent.gz	112.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q10_validation.pdf.gz	749.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q10_full_validation.pdf.gz	749.6 KB	表示
XML形式データ	8q10_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	8q10_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/8q10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pxiC 8q0vC 8q0wC 8q0xC 8q0yC 8q0zC 8q11C 8q12C 8q13C 8q14C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.857, 72.472, 52.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 7種, 227分子

#2: 化合物	ChemComp-IJY / (3~{R},5~{R})-3-[2-(hydroxymethyl)-1,3-thiazol-4-yl]-5-[3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]pyrrolidin-3-ol 分子量: 412.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₅F₃N₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein at 5 mg/mL in 100 mM ammoniumacetate pH 4.6, reservoir: 100 mM ammoniumacetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 24 % PEG4000, 292 K, 2+2 yL drops over 1 mL reservoir, streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 83117 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.77 % / B_iso Wilson estimate: 14.43 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.79
反射シェル	解像度: 1.27→1.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 13272 / CC_1/2: 0.813 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.27→27.97 Å / SU ML: 0.1111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.7182
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1648	4156	5 %
R_work	0.1441	78952	-
obs	0.1451	83108	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→27.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2368	0	77	217	2662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0042	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7936	3564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0726	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3557	836

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.28	0.2505	130	0.2089	2482	X-RAY DIFFRACTION	92.23
1.28-1.3	0.2382	137	0.1977	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.3-1.31	0.2085	140	0.1881	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.31-1.33	0.2087	137	0.1734	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.33-1.35	0.202	138	0.1653	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.35-1.37	0.2405	140	0.1635	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.37-1.39	0.209	139	0.1583	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.39-1.41	0.2085	137	0.1594	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.41-1.43	0.1856	138	0.1497	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.43-1.45	0.1746	140	0.1548	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.45-1.48	0.2018	138	0.1577	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.48-1.5	0.214	138	0.1497	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.5-1.53	0.1897	140	0.1329	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.53-1.56	0.1646	137	0.1285	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.56-1.6	0.1685	140	0.1181	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.6-1.64	0.1535	138	0.1217	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.64-1.68	0.1506	139	0.1197	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.68-1.72	0.1668	140	0.1242	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.72-1.77	0.158	137	0.1268	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.77-1.83	0.193	139	0.1265	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.83-1.9	0.1725	139	0.1262	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.9-1.97	0.1423	137	0.117	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.97-2.06	0.1571	139	0.122	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.06-2.17	0.1388	139	0.1221	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.17-2.31	0.1445	139	0.1323	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.31-2.48	0.1746	140	0.1482	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.48-2.73	0.1559	139	0.1515	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.73-3.13	0.167	140	0.1547	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.13-3.94	0.1476	139	0.1519	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.94-27.97	0.1604	143	0.1617	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.09

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 7種, 227分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 7種, 227分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 7種, 227分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)