PDB-8q0z: Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((methyl(prop-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q0z

タイトル

Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((methyl(prop-2-yn-1-yl)amino)methyl)thiazol-4-yl)-5-(3-phenyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-089)

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Endothiapepsin / ligand complex

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Eckelt, S. / Klebe, G. / Glinca, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Endothiapepsin with ligands derived from merged fragment hits
著者: Mueller, J.M.

履歴

登録	2023年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q0z.cif.gz	175.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q0z.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q0z_validation.pdf.gz	923.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q0z_full_validation.pdf.gz	925 KB	表示
XML形式データ	8q0z_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	8q0z_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pxiC 8q0vC 8q0wC 8q0xC 8q0yC 8q10C 8q11C 8q12C 8q13C 8q14C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.863, 72.566, 52.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 270分子

#2: 化合物	ChemComp-IKW / (3~{R},5~{R})-3-[2-[[methyl(prop-2-ynyl)amino]methyl]-1,3-thiazol-4-yl]-5-(3-phenyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol 分子量: 395.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein at 5 mg/mL in 100 mM ammoniumacetate pH 4.6, reservoir: 100 mM ammoniumacetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 24 % PEG4000, 292 K, 2+2 yL drops over 1 mL reservoir, streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 94958 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.67 % / B_iso Wilson estimate: 11.51 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.86
反射シェル	解像度: 1.21→1.28 Å / 冗長度: 3.13 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 14055 / CC_1/2: 0.955 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.21→29.28 Å / SU ML: 0.0976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 12.657
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1542	4748	5 %
R_work	0.1328	90203	-
obs	0.1338	94951	98.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→29.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2366	0	80	263	2709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	2597
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1258	3581
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0939	418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8441	835

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.22	0.1677	115	0.1665	2197	X-RAY DIFFRACTION	72.7
1.22-1.24	0.1701	137	0.1476	2603	X-RAY DIFFRACTION	84.62
1.24-1.25	0.1611	153	0.1389	2906	X-RAY DIFFRACTION	95.41
1.25-1.27	0.1661	158	0.1265	3003	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.27-1.29	0.1491	162	0.1212	3063	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.29-1.3	0.1557	158	0.1162	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.3-1.32	0.1332	163	0.1125	3089	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.32-1.34	0.1412	160	0.1124	3040	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.34-1.36	0.143	159	0.1089	3020	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.36-1.38	0.1355	160	0.1066	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.38-1.41	0.1446	160	0.111	3049	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.41-1.43	0.1368	160	0.1098	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.43-1.46	0.1351	161	0.1108	3069	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.46-1.49	0.1402	162	0.1149	3068	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.49-1.52	0.1312	159	0.1101	3017	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.52-1.56	0.1244	161	0.1049	3065	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.56-1.6	0.1337	161	0.1049	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.6-1.64	0.1427	160	0.1102	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.64-1.69	0.1656	162	0.1108	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.69-1.74	0.147	160	0.1151	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.74-1.81	0.1522	162	0.1143	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.81-1.88	0.1486	160	0.1239	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.88-1.96	0.135	161	0.117	3061	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.96-2.07	0.1396	161	0.1155	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.07-2.2	0.1257	162	0.1196	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.2-2.37	0.1478	162	0.1332	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.37-2.61	0.1783	160	0.1468	3055	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.61-2.98	0.1818	163	0.1566	3082	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.98-3.76	0.1707	162	0.1509	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.76-29.28	0.1677	164	0.1626	3109	X-RAY DIFFRACTION	99.21

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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