PDB-8q0x: Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((methyl(propy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q0x

タイトル

Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((methyl(propyl)amino)methyl)thiazol-4-yl)-5-(3-(4-(trifluoromethyl)phenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-087)

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Endothiapepsin / ligand complex

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Eckelt, S. / Klebe, G. / Glinca, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Endothiapepsin with ligands derived from merged fragment hits
著者: Mueller, J.M.

履歴

登録	2023年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q0x.cif.gz	173.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q0x.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q0x_validation.pdf.gz	663.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q0x_full_validation.pdf.gz	664.3 KB	表示
XML形式データ	8q0x_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	8q0x_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pxiC 8q0vC 8q0wC 8q0yC 8q0zC 8q10C 8q11C 8q12C 8q13C 8q14C 8q4bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.923, 72.561, 52.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-IL4 / (3~{R},5~{R})-3-[2-[[methyl(propyl)amino]methyl]-1,3-thiazol-4-yl]-5-[3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]pyrrolidin-3-ol 分子量: 467.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄F₃N₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein at 5 mg/mL in 100 mM ammoniumacetate pH 4.6, reservoir: 100 mM ammoniumacetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 24 % PEG4000, 292 K, 2+2 yL drops over 1 mL reservoir, streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 82604 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.74 % / B_iso Wilson estimate: 14.56 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.97
反射シェル	解像度: 1.275→1.35 Å / 冗長度: 3.69 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 12980 / CC_1/2: 0.807 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.27→34.51 Å / SU ML: 0.1409 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 15.518
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1656	4131	5 %
R_work	0.1428	78466	-
obs	0.144	82597	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→34.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2367	0	56	252	2675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	2562
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1934	3531
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1019	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0091	455
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3831	824

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.29	0.2843	118	0.2346	2232	X-RAY DIFFRACTION	85.05
1.29-1.3	0.2375	136	0.2142	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.3-1.32	0.2337	141	0.1992	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.32-1.33	0.2959	137	0.2044	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.33-1.35	0.2245	137	0.2196	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.35-1.37	0.2364	138	0.2022	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.37-1.39	0.2128	139	0.1758	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.39-1.41	0.207	137	0.1593	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.41-1.43	0.1995	138	0.1456	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.43-1.46	0.1768	139	0.1386	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.46-1.48	0.1945	137	0.1335	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.48-1.51	0.1731	138	0.1279	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.51-1.54	0.1636	138	0.1179	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.54-1.57	0.1472	138	0.1188	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.57-1.6	0.1417	139	0.1198	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.6-1.64	0.1495	138	0.1226	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.64-1.68	0.1522	138	0.1184	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.68-1.73	0.1477	140	0.119	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.73-1.78	0.1382	137	0.1124	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.78-1.84	0.141	138	0.1143	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.84-1.9	0.163	139	0.1173	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.9-1.98	0.1255	137	0.117	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.98-2.07	0.1348	138	0.1171	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.07-2.18	0.1575	139	0.118	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.18-2.31	0.1455	138	0.1279	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.31-2.49	0.1648	140	0.1433	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.49-2.74	0.1805	138	0.1502	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.74-3.14	0.1948	139	0.1583	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.14-3.95	0.1537	140	0.1549	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.95-34.51	0.1652	142	0.1656	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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