PDB-8q0w: Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((allyl(methyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q0w

タイトル

Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((allyl(methyl)amino)methyl)thiazol-4-yl)-5-(3-(4-(trifluoromethyl)phenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-086)

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Endothiapepsin / ligand complex

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Eckelt, S. / Klebe, G. / Glinca, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Endothiapepsin with ligands derived from merged fragment hits
著者: Mueller, J.M.

履歴

登録	2023年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	8q0w_full_validation.pdf.gz	671.1 KB	表示
XML形式データ	8q0w_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	8q0w_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8pxiC 8q0vC 8q0xC 8q0yC 8q0zC 8q10C 8q11C 8q12C 8q13C 8q14C 8q4bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.891, 72.757, 52.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, EC: 3.4.23.22
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-IJG / (3~{R},5~{R})-3-[2-[[methyl(prop-2-enyl)amino]methyl]-1,3-thiazol-4-yl]-5-[3-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]pyrrolidin-3-ol 分子量: 465.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂F₃N₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein at 5 mg/mL in 100 mM ammoniumacetate pH 4.6, reservoir: 100 mM ammoniumacetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 24 % PEG4000, 292 K, 2+2 yL drops over 1 mL reservoir, streak seeding

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 51792 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.73 % / B_iso Wilson estimate: 16.71 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.23
反射シェル	解像度: 1.49→1.58 Å / 冗長度: 3.62 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 7907 / CC_1/2: 0.869 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→34.5 Å / SU ML: 0.1562 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.8646
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1841	2589	5 %
R_work	0.1607	49185	-
obs	0.1619	51774	98.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→34.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	56	209	2634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	2541
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0684	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0851	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.619	816

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.51	0.2994	119	0.2758	2264	X-RAY DIFFRACTION	82.09
1.52-1.55	0.2728	146	0.2249	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.55-1.58	0.2129	144	0.1985	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.58-1.62	0.2168	143	0.1837	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.62-1.66	0.2197	146	0.172	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.66-1.7	0.214	144	0.1709	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.7-1.75	0.2062	145	0.169	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.75-1.81	0.1711	146	0.1666	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.81-1.87	0.2089	146	0.1637	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.87-1.95	0.1709	145	0.15	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.95-2.04	0.166	145	0.1394	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.04-2.14	0.1519	144	0.1412	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.14-2.28	0.1588	145	0.1426	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.28-2.45	0.1914	145	0.1529	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.7	0.1967	145	0.1589	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.7-3.09	0.1668	146	0.1687	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.09-3.89	0.1958	145	0.1588	2747	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.89-34.5	0.1689	150	0.158	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.08969523689	-1.41604862432	4.20791697028	2.1548497374	-0.472293373827	3.49272483786	0.0700140014621	-0.0632649911736	-0.299675985052	-0.103302611806	0.0174493063267	0.0106766879819	0.0741758982172	0.0913431751525	-0.0703954219663	0.131424717802	0.00183390862227	0.0215668874789	0.130852614105	0.00708463923444	0.117784480231	9.40526196893	-12.5402098722	5.57499267981
2	4.10846681061	0.946197883168	0.0670145675009	5.46668567191	-0.121953385522	6.11134922798	-0.142004339035	0.152299065537	0.0414035030579	-0.167910472758	0.111557535737	0.489786554846	-0.115547219697	-0.410032203245	0.0043178438298	0.14604262405	-0.0146891540094	-0.0137818269385	0.159652704931	0.0057031154549	0.19252786135	-6.11826135161	-6.00927526449	0.973765655099
3	1.84105640522	-0.433854479089	0.712994109591	1.81520266854	-1.11786749917	3.13132464635	-0.0337804574729	-0.0239481709344	-0.0167151957533	0.0667160333486	-0.0286868183928	-0.0151769964142	0.147901486825	-0.00702160044964	0.0737494443306	0.160945933332	-0.00844533581012	0.0161559323827	0.136313874606	-0.0123153071321	0.136354780905	3.89948891493	-13.7121516344	15.1844616857
4	1.31561425639	0.605065875603	-0.460624722075	1.18543314048	-0.211988175827	1.36441204829	-0.0174707584358	-0.0591809789392	-0.0404306127023	0.0292240426154	-0.0227690416152	0.0141616729727	-0.0377876830726	-0.125979555444	0.0435600464451	0.136121224097	0.0176017228319	0.0053194743295	0.156615198442	-0.00417884290036	0.154338369504	2.08767286028	-3.30197382106	17.1165358927
5	4.93956288632	0.0419300339278	3.90668495887	6.73242177605	-3.03943062525	6.70987744225	-0.0225411889584	-0.825833217071	0.327305916566	0.362445913382	0.0362608160743	0.804553390689	-0.327301771572	-0.994442330667	-0.0264901793904	0.154949019836	0.0237655923665	0.0596107397716	0.31209573436	-0.0371573479778	0.243568289248	-11.3204942881	-5.29512617272	24.6153638334
6	1.56618443726	0.430135978371	-1.02312123454	3.67194348896	0.66764110149	1.78224333406	0.00881293919916	-0.340512431665	-0.214224038274	-0.00316309601665	-0.0296743306836	0.40126976647	0.00448536951305	-0.279528221169	0.00724253294109	0.143943509728	-0.0245310269282	0.0184836489441	0.203146224694	-0.00792448989914	0.171927102116	-5.62501207826	-11.7658163998	20.6520060923
7	3.26502189012	0.972154014789	0.371911464075	4.28125766573	0.893656963471	1.81211361035	0.0271936774394	-0.288399222197	-0.109818792252	0.427004971076	-0.0823309535013	-0.0761340455765	0.105125542518	-0.303712657006	0.0657328971	0.238780915687	-0.00274920135095	0.0268035174388	0.199272135803	0.00539731898501	0.133068976392	6.22953755227	-14.9896743946	29.7022748599
8	3.57435754322	-2.09416234438	-0.844420506357	7.8444830932	0.222497992042	0.229760437269	-0.201152583061	-0.3902969725	0.203834261598	0.533429526754	0.175345462523	0.012017514812	-0.095958461397	-0.0778040783087	0.0165092219145	0.21183201923	0.0189718411211	0.000851960796253	0.193668632552	-0.0265911381741	0.133781658439	7.46246221828	-1.99766926437	33.48245768
9	4.87061554931	0.481650019906	1.90996936442	5.52393974126	-0.650487859178	7.44252034937	-0.193273900864	-0.138875327048	0.372379162432	-0.0963570527463	0.257911940965	0.215724227983	-0.368275318317	-0.190242149351	-0.0315043128086	0.16776150164	0.0534018709547	-0.00560318183668	0.17885461582	-0.018451198438	0.168779434053	0.169832862145	4.25900812011	20.9725812466
10	0.372696849608	0.0361063436129	-0.0952440297463	0.545368060099	0.133272106103	1.26742607169	-0.0245649591975	-0.0634324991008	0.0111587969779	0.0176682411796	0.000230701988036	0.00983384446044	-0.0277581018498	-0.00678380068701	0.0257337291129	0.134048117994	0.00777279452615	-0.00558600465578	0.123372267189	-0.002255616259	0.150318648709	8.75107190122	-4.48531242375	12.4571058827
11	1.63786033411	-0.24617869354	0.529556039493	0.532870664611	-0.113368556792	0.654022265922	0.00462384848749	0.026576575864	0.0197473159532	-0.0115558805655	-0.0319319936305	-0.0644538777941	-0.0278152067409	0.0101368679086	0.0336103684438	0.136816159685	-0.000651131678346	0.0182489236993	0.116924871698	-0.00173813531891	0.13794600034	2.40174781457	7.01550984971	-5.28049136229

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )	1 - 9	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 10 through 16 )	10 - 16	10 - 16
3	3	chain 'A' and (resid 17 through 32 )	17 - 32	17 - 32
4	4	chain 'A' and (resid 33 through 47 )	33 - 47	33 - 47
5	5	chain 'A' and (resid 48 through 52 )	48 - 52	48 - 52
6	6	chain 'A' and (resid 53 through 60 )	53 - 60	53 - 60
7	7	chain 'A' and (resid 61 through 68 )	61 - 68	61 - 68
8	8	chain 'A' and (resid 69 through 73 )	69 - 73	69 - 73
9	9	chain 'A' and (resid 74 through 79 )	74 - 79	74 - 79
10	10	chain 'A' and (resid 82 through 183 )	82 - 183	82 - 183
11	11	chain 'A' and (resid 184 through 330 )	184 - 330	184 - 330

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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