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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q0v | ||||||
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タイトル | Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((methyl(prop-2-yn-1-yl)amino)methyl)thiazol-4-yl)-5-(3-(4-(trifluoromethyl)phenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-073) | ||||||
要素 | Endothiapepsin | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Endothiapepsin / ligand complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller, J.M. / Eckelt, S. / Klebe, G. / Glinca, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structures of Endothiapepsin with ligands derived from merged fragment hits 著者: Mueller, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q0v.cif.gz | 170.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q0v.ent.gz | 110.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q0v_validation.pdf.gz | 713.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q0v_full_validation.pdf.gz | 713.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8q0v_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q0v_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pxiC 8q0wC 8q0xC 8q0yC 8q0zC 8q10C 8q11C 8q12C 8q13C 8q14C 8q4bC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, EC: 3.4.23.22 |
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-非ポリマー , 5種, 239分子
#2: 化合物 | ChemComp-IKA / ( 分子量: 463.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20F3N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein at 5 mg/mL in 100 mM ammoniumacetate pH 4.6, reservoir: 100 mM ammoniumacetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 24 % PEG4000, 292 K, 2+2 yL drops over 1 mL reservoir, streak seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99187 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.277→50 Å / Num. obs: 82149 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.78 % / Biso Wilson estimate: 13.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.79 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.35 Å / Num. unique obs: 13275 / CC1/2: 0.869 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.28→36.62 Å / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.2467 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.28→36.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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