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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q0s | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the single chain monellin derivative MNEI | ||||||
要素 | Monellin chain B,Monellin chain A | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / protein aggregation (タンパク質凝集) / functional amyloids / monellin (モネリン) / MNEI / protein fibrils | ||||||
機能・相同性 | Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / モネリン / モネリン / Cystatin superfamily / 酢酸塩 / Monellin chain A / Monellin chain B 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Dioscoreophyllum cumminsii (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å | ||||||
データ登録者 | Ferraro, G. / Merlino, A. / Lucignano, R. / Picone, D. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024 タイトル: Structural insights and aggregation propensity of a super-stable monellin mutant: A new potential building block for protein-based nanostructured materials. 著者: Lucignano, R. / Spadaccini, R. / Merlino, A. / Ami, D. / Natalello, A. / Ferraro, G. / Picone, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q0s.cif.gz | 68 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q0s.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8q0s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8q0rC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11419.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30-33% PEG4K, 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.5 and 0.2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19→38.39 Å / Num. obs: 52760 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.19→1.21 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Num. unique obs: 2446 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.443 / Rrim(I) all: 0.815 / % possible all: 85.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.19→38.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.146 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.19→38.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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