PDB-8q0s: X-ray structure of the single chain monellin derivative MNEI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q0s

タイトル

X-ray structure of the single chain monellin derivative MNEI

要素

Monellin chain B,Monellin chain A

キーワード

PLANT PROTEIN / protein aggregation / functional amyloids / monellin / MNEI / protein fibrils

機能・相同性

機能・相同性情報

Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A. / Lucignano, R. / Picone, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural insights and aggregation propensity of a super-stable monellin mutant: A new potential building block for protein-based nanostructured materials.
著者: Lucignano, R. / Spadaccini, R. / Merlino, A. / Ami, D. / Natalello, A. / Ferraro, G. / Picone, D.

履歴

登録	2023年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q0s.cif.gz	68 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q0s.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q0s_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q0s_full_validation.pdf.gz	461 KB	表示
XML形式データ	8q0s_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8q0s_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q0rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Monellin chain B,Monellin chain A

BBB: Monellin chain B,Monellin chain A

ヘテロ分子

23.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.650, 38.970, 44.130
Angle α, β, γ (deg.)	105.995, 109.521, 103.361
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Monellin chain B,Monellin chain A / Monellin chain II / Monellin chain I 分子量: 11419.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30-33% PEG4K, 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.5 and 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→38.39 Å / Num. obs: 52760 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.19→1.21 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.679 / Num. unique obs: 2446 / CC_1/2: 0.726 / R_pim(I) all: 0.443 / R_rim(I) all: 0.815 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.19→38.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 1.146 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2562	2465	4.929 %
R_work	0.2161	47541	-
all	0.218	-	-
obs	-	50006	87.278 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.007 Å²	-0.027 Å²	0.036 Å²
2-	-	0.036 Å²	-0.023 Å²
3-	-	-	-0.017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→38.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1604	0	21	263	1888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.768	1.671	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.385	1.597	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.532	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.329	21.858	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.193	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.882	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	821
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	909
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.199	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.233	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.514	1.416	896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.505	1.414	895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.287	2.109	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.287	2.11	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.19	1.791	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.189	1.794	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.403	2.576	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.402	2.58	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.536	18.51	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.535	18.534	2159

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.19-1.221	0.302	126	0.302	2337	X-RAY DIFFRACTION	57.641
1.221-1.254	0.297	121	0.297	2550	X-RAY DIFFRACTION	65.2897
1.254-1.291	0.34	160	0.29	2867	X-RAY DIFFRACTION	74.7592
1.291-1.33	0.319	163	0.285	3204	X-RAY DIFFRACTION	87.0251
1.33-1.374	0.311	169	0.279	3272	X-RAY DIFFRACTION	90.9836
1.374-1.422	0.327	164	0.269	3218	X-RAY DIFFRACTION	92.6575
1.422-1.476	0.297	168	0.271	3134	X-RAY DIFFRACTION	93.3824
1.476-1.536	0.281	150	0.258	3012	X-RAY DIFFRACTION	93.8836
1.536-1.604	0.293	164	0.242	2907	X-RAY DIFFRACTION	94.0294
1.604-1.682	0.259	150	0.236	2716	X-RAY DIFFRACTION	91.4486
1.682-1.773	0.251	154	0.229	2659	X-RAY DIFFRACTION	94.8096
1.773-1.88	0.235	137	0.216	2498	X-RAY DIFFRACTION	95.0577
1.88-2.01	0.23	117	0.206	2380	X-RAY DIFFRACTION	94.943
2.01-2.17	0.26	111	0.206	2179	X-RAY DIFFRACTION	94.2387
2.17-2.377	0.247	105	0.196	2022	X-RAY DIFFRACTION	93.5356
2.377-2.656	0.273	82	0.212	1879	X-RAY DIFFRACTION	95.9393
2.656-3.064	0.291	76	0.203	1607	X-RAY DIFFRACTION	95.1923
3.064-3.747	0.218	55	0.175	1403	X-RAY DIFFRACTION	94.4912
3.747-5.274	0.211	69	0.167	1071	X-RAY DIFFRACTION	97.5192
5.274-10	0.215	23	0.215	617	X-RAY DIFFRACTION	96.823

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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