PDB-8q0r: X-ray structure of MNEI mutant Mut9 (E23A, C41A, Y65R, S76Y)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q0r

タイトル

X-ray structure of MNEI mutant Mut9 (E23A, C41A, Y65R, S76Y)

要素

Monellin chain B,Monellin chain A

キーワード

PLANT PROTEIN / rotein aggregation / functional amyloids / MNEI / Mut9 / structural analysis / protein fibrils

機能・相同性

機能・相同性情報

Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A. / Lucignano, R. / Picone, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural insights and aggregation propensity of a super-stable monellin mutant: A new potential building block for protein-based nanostructured materials.
著者: Lucignano, R. / Spadaccini, R. / Merlino, A. / Ami, D. / Natalello, A. / Ferraro, G. / Picone, D.

履歴

登録	2023年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q0r.cif.gz	62.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q0r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q0r_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q0r_full_validation.pdf.gz	459 KB	表示
XML形式データ	8q0r_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	8q0r_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q0sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (7)

登録構造単位

AAA: Monellin chain B,Monellin chain A

BBB: Monellin chain B,Monellin chain A

ヘテロ分子

22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.120, 31.290, 46.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.648, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Monellin chain B,Monellin chain A / Monellin chain II / Monellin chain I 分子量: 11267.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30-33% PEG4K, 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.5 and 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→35.58 Å / Num. obs: 27470 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1225 / CC_1/2: 0.69 / R_pim(I) all: 0.36 / R_rim(I) all: 0.612 / % possible all: 84.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→35.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 2.434 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2747	1213	4.616 %
R_work	0.2208	25065	-
all	0.223	-	-
obs	-	26278	98.32 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.562 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.081 Å²	-0 Å²	0.141 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.126 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1595	0	18	200	1813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.67	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.31	1.592	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.594	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.45	20.826	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.356	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.573	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.27	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.418	2.378	817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.418	2.374	815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.802	3.541	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.802	3.543	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.882	2.839	932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.864	2.84	925
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.444	4.113	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.452	4.109	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.991	29.411	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.915	28.909	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.16	0.05	2899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.342	78	0.3	1541	X-RAY DIFFRACTION	82.6442
1.59-1.634	0.328	78	0.282	1777	X-RAY DIFFRACTION	97.8892
1.634-1.681	0.336	90	0.275	1769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.681-1.733	0.276	88	0.257	1687	X-RAY DIFFRACTION	98.8307
1.733-1.79	0.307	87	0.25	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.852	0.262	83	0.228	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.9419
1.852-1.922	0.266	74	0.225	1564	X-RAY DIFFRACTION	99.8781
1.922-2.001	0.249	63	0.208	1507	X-RAY DIFFRACTION	99.8728
2.001-2.09	0.24	75	0.213	1436	X-RAY DIFFRACTION	99.736
2.09-2.191	0.305	63	0.207	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.191-2.31	0.231	50	0.213	1337	X-RAY DIFFRACTION	99.928
2.31-2.45	0.228	57	0.205	1240	X-RAY DIFFRACTION	99.923
2.45-2.619	0.316	72	0.22	1173	X-RAY DIFFRACTION	99.7596
2.619-2.828	0.288	57	0.217	1089	X-RAY DIFFRACTION	99.8258
2.828-3.097	0.258	50	0.223	1010	X-RAY DIFFRACTION	99.8117
3.097-3.462	0.303	38	0.216	924	X-RAY DIFFRACTION	99.2776
3.462-3.995	0.263	33	0.204	810	X-RAY DIFFRACTION	99.2933
3.995-4.888	0.191	27	0.191	699	X-RAY DIFFRACTION	99.316
4.888-6.893	0.351	34	0.254	543	X-RAY DIFFRACTION	99.3115
6.893-10	0.282	16	0.23	314	X-RAY DIFFRACTION	97.9229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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