PDB-8q06: EF-hand of MINDY3 Deubiquitylase in Complex with UBL of RAD23A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q06

タイトル

EF-hand of MINDY3 Deubiquitylase in Complex with UBL of RAD23A

要素

UV excision repair protein RAD23 homolog A
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase MINDY

キーワード

HYDROLASE / DUB / Deubiquitylase / Deubiquitinase / ubiquitin / MINDY / RAD23 / RAD23A / UBL / EF-hand

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K48-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / Josephin domain DUBs / proteasome complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Armstrong, L.A. / Kulathu, Y.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: EF-hand of MINDY3 Deubiquitylase in Complex with UBL of RAD23A
著者: Armstrong, L.A. / Kulathu, Y.

履歴

登録	2023年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q06.cif.gz	223.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q06.ent.gz	151.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8q06_validation.pdf.gz	975.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q06_full_validation.pdf.gz	978 KB	表示
XML形式データ	8q06_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	8q06_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q06	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase MINDY

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase MINDY

C: UV excision repair protein RAD23 homolog A

D: UV excision repair protein RAD23 homolog A

ヘテロ分子

37.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.279, 134.139, 45.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.670, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase MINDY 分子量: 8840.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MDA_GLEAN10008107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L5MDV7, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質	UV excision repair protein RAD23 homolog A / HR23A / hHR23A 分子量: 9908.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RAD23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54725
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium chloride, 2.2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→34.78 Å / Num. obs: 32714 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 39.67 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05579 / R_pim(I) all: 0.02277 / R_rim(I) all: 0.06032 / Net I/σ(I): 19.63
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.6422 / Num. unique obs: 3242 / CC_1/2: 0.919 / CC star: 0.979 / R_pim(I) all: 0.2734 / R_rim(I) all: 0.699 / % possible all: 99.48

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→34.78 Å / SU ML: 0.2514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 26.3824
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	1593	4.87 %
R_work	0.1966	31106	-
obs	0.199	32699	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2363	0	6	159	2528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	2409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	3254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0497	373
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	423
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.5868	314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.96	0.3391	160	0.3013	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.96-2.03	0.3163	169	0.2672	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.03-2.11	0.2975	148	0.2485	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.11-2.21	0.2568	140	0.2194	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.33	0.2616	113	0.2072	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.47	0.2654	161	0.2216	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.66	0.2703	158	0.2254	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.93	0.3292	118	0.2394	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.93-3.35	0.2661	150	0.2279	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-4.22	0.231	151	0.1679	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-34.78	0.1918	125	0.1585	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.57461134228	-0.283289166584	-0.257305168597	9.53864570586	-0.00828726881056	4.5932988723	0.286595566626	0.212456646357	-0.780104958217	-0.45867599308	-0.0530615580557	-0.0718799613622	0.542364658507	-0.00460208718681	-0.283099660799	0.380348857076	-0.0441722334657	-0.133323954224	0.327002718497	0.0413359979436	0.473699576024	8.84384363925	12.6921782885	11.609139729
2	4.33035309504	-1.58599742589	1.09620349113	4.52548598738	-1.23637846378	7.06179021312	0.249916173373	0.112981239949	0.244885916976	-0.0683022515029	-0.288630425477	-0.405066990018	-0.193990637406	0.541710108995	-0.00603008352338	0.412843438242	-0.0378438432551	-0.0154586743098	0.333319300138	0.0490481815764	0.372012105969	11.6717999328	24.0316250928	14.5777616428
3	3.96516072613	5.82093884428	-0.879942896778	9.75939725246	-1.86062056768	7.90274068139	-0.147559769815	-0.782661587471	0.282308608811	0.63416339413	-0.149876129735	0.329825214011	-0.815890579186	0.227475648046	0.273721796571	0.657745925657	-0.0294848869933	0.0912609880119	0.330937676901	0.0163921141412	0.324666116444	5.258834433	31.6939345796	14.1745792569
4	6.59126760337	-3.41752135604	-4.77465122057	7.25135623306	3.13505540019	8.52778631505	0.593385224167	0.269192695325	-0.245853078832	-0.170583562358	-0.437439473348	0.196150822093	-0.435383894613	-0.520300070796	-0.196002082219	0.466250271063	-0.0418337266902	0.00479622338849	0.274942952592	0.0563982381535	0.352582334772	0.995173638872	22.5961920452	12.9413677535
5	0.966288940837	0.599347701621	0.332783781916	3.51684315806	3.87512124541	3.98573052712	-0.306801307936	-0.0307406775576	-0.0216207854618	-0.0153626972754	-0.363318776528	0.44353317475	-0.872978172419	-0.33515708895	0.480161243147	0.52204732536	0.0336421857198	0.0935228147505	0.382447084358	0.0708623275341	0.426450919906	30.0361849666	23.634030382	28.5458105528
6	8.46759110639	0.268068913941	2.41712890519	6.11613808599	-0.187323341344	7.37386177909	0.286095265772	0.714477343807	-0.0558149411293	-0.222218409501	-0.132249061781	0.0556821625906	-0.0971106180519	-0.154198794815	-0.0785181291692	0.446417635776	0.0800695189532	0.0170263991679	0.417383197446	-0.0177059255141	0.395789112081	28.5883786483	14.6378312871	15.836048029
7	7.14087228246	0.426962242076	0.562743994096	3.09099222897	-1.7745638661	8.37583242471	0.0493646542327	0.127422392513	-0.822549158676	-0.587716585374	-0.0694521261668	-0.210755230725	0.524583045876	-0.0902087124637	-0.0487628340999	0.384799610579	0.0184609782537	-0.0463095539966	0.363597011564	0.0284689850611	0.433321224759	25.8035493364	4.68735175297	23.7034374793
8	5.32885784219	-0.453913865246	2.4147055259	5.58488921109	-2.59564142049	8.28235240312	0.413239418804	0.16786274396	-0.0274384221948	-0.388724872799	-0.121446514128	0.512689048148	0.181373292662	-0.634578504015	-0.249398616054	0.371568116022	0.0822340816799	-0.0675157469451	0.418973682143	-0.00956271551783	0.412060492282	19.3571779348	12.7641044836	20.2961544978
9	-0.0454533654701	-0.035720997646	-0.0801845332314	3.57452608061	4.81167429977	6.77775302735	0.304959867627	0.0924882851138	0.379487030967	-0.763063068427	-0.662560294557	0.156045881233	-0.338701184437	-1.94391832866	0.589744502563	0.520802774488	-0.098558990071	-0.0763764322169	0.654876000002	-0.0751498642908	0.569093212447	12.3042088469	1.27093090458	36.0800290371
10	7.81438855362	1.17154043671	1.93196612922	2.68694907448	0.348404083595	2.20504328175	0.0635679309134	0.534683200081	-0.319941970069	-0.621950277315	-0.212920198564	0.23361392345	0.939060586311	-0.209825764405	0.488478217812	0.651836239133	-0.126719147675	-0.0153503088671	0.540909761527	-0.0967837844057	0.416821434869	15.0727307489	-4.86843002111	32.7352196989
11	6.16543443647	0.0707939920881	1.02724548644	6.91596595424	0.238653309791	6.31066250835	0.0733843926623	-0.445726912914	-0.353000181103	0.171879186599	-0.226798039202	-0.152428238249	0.762549819429	-0.358141648415	0.137300199892	0.473924857112	-0.0358594594025	-0.00476177158336	0.288255638657	0.0201328539583	0.338982990936	18.7181362027	-5.5101583241	42.4907889917
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13	3.51201535248	-1.32469648354	-0.90626611744	2.9331536006	-0.280653031626	9.62209502414	-0.13954094097	-0.201562560537	0.307074996965	0.196505652482	-0.0469613923176	-0.43536059871	0.0454834998768	0.203506548758	0.0859344352992	0.352607372972	-0.087563511978	-0.114249113198	0.392794104194	-0.00983499869118	0.41139123275	24.0816048733	6.37787860048	39.5670206142
14	7.82373144162	2.7913208829	3.99406712913	9.64568125428	3.20437164782	3.05674629072	-0.0653791938154	-0.117488269311	0.488091900146	0.358471920891	-0.177135005667	0.422422799501	-0.253837088963	-1.23443521747	0.475845990855	0.388931796928	0.087135306804	-0.0571656392862	0.496066471674	-0.0418545219719	0.43433034039	14.9015888492	8.46473832756	36.7695910056
15	7.04241778346	-5.08476647158	1.92913170953	3.74369161191	-1.90540561033	4.73974826261	0.0247455688905	0.134543170187	0.542636789952	-0.577159473462	0.0216083139969	-0.658561749509	0.697771221072	-0.116112009509	-0.252001738792	0.627302202206	-0.0964498704374	0.000351316829147	0.320470176243	-0.0437930732783	0.43020365208	24.8506961083	-3.26374284663	32.7695209073
16	8.79044840617	0.59898771768	5.205038087	2.7375335749	0.293869829043	3.41127379314	0.274342587396	-0.0348357005208	0.346963034459	0.106328042843	-0.128481841253	1.35528851534	0.159015065745	-1.37077656261	-0.0806577703792	0.542163338921	0.138215736843	-0.0822408425138	0.484443889732	0.0696374464604	0.715659802009	17.3498517734	37.0111014116	40.8554342874
17	3.23085469551	-0.435586058311	-0.798582754455	2.51657626977	-2.94289801261	9.3951193098	-0.651142514652	0.445928584114	0.223741563542	0.312222105747	0.0211760242087	0.730718112718	-0.752629532727	-0.583927885054	0.722425623887	0.992388990722	0.0853043896128	-0.0123754018963	0.431920352548	-0.02600556602	0.54051808523	17.5177956255	40.8141819111	44.7945713228
18	3.51627642218	-1.02269996775	-1.45710736209	9.89906611039	1.25408240758	6.89581414362	0.137209343447	0.233172235912	0.397375977114	-0.583373530114	-0.170972238649	-0.405236183148	-0.184437362446	-0.275662389922	0.103670954013	0.816033826979	0.0363815054204	-0.0205239693921	0.36102757898	0.099442645545	0.466306845701	24.1018393406	44.8572438601	37.4242608622
19	3.97503388931	-1.7823442818	1.00514527006	4.48753606592	1.22365683922	6.94582334542	-0.11960014804	0.224575109971	-0.380413580532	-0.225653428533	-0.0626429393292	0.191635709842	0.16784339065	-0.0983235880302	0.204861342945	0.591861669333	0.0231888516603	0.10064529081	0.302617347569	0.0493731134233	0.348819321628	25.7425906888	34.0696862883	39.7037783604

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 302 through 321 )	A	A	302 - 321	1 - 20
2	2	chain 'A' and (resid 322 through 340 )	A	A	322 - 340	21 - 39
3	3	chain 'A' and (resid 341 through 351 )	A	A	341 - 351	40 - 50
4	4	chain 'A' and (resid 352 through 370 )	A	A	352 - 370	51 - 69
5	5	chain 'B' and (resid 296 through 315 )	B	B	296 - 315	1 - 20
6	6	chain 'B' and (resid 316 through 334 )	B	B	316 - 334	21 - 39
7	7	chain 'B' and (resid 335 through 351 )	B	B	335 - 351	40 - 56
8	8	chain 'B' and (resid 352 through 370 )	B	B	352 - 370	57 - 75
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 9 )	C	D	1 - 9	1 - 9
10	10	chain 'C' and (resid 10 through 19 )	C	D	10 - 19	10 - 19
11	11	chain 'C' and (resid 20 through 42 )	C	D	20 - 42	20 - 42
12	12	chain 'C' and (resid 43 through 49 )	C	D	43 - 49	43 - 49
13	13	chain 'C' and (resid 50 through 60 )	C	D	50 - 60	50 - 60
14	14	chain 'C' and (resid 61 through 71 )	C	D	61 - 71	61 - 71
15	15	chain 'C' and (resid 72 through 77 )	C	D	72 - 77	72 - 77
16	16	chain 'D' and (resid 2 through 9 )	D	E	2 - 9	1 - 8
17	17	chain 'D' and (resid 10 through 19 )	D	E	10 - 19	9 - 18
18	18	chain 'D' and (resid 20 through 41 )	D	E	20 - 41	19 - 40
19	19	chain 'D' and (resid 42 through 76 )	D	E	42 - 76	41 - 75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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