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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q04 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Chlorella sorokiniana Rubisco: D4 symmetry imposed | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PLANT PROTEIN / Rubisco | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-amino acid transmembrane transporter activity / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Chlorella sorokiniana (植物) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Barrett, J. / Blaza, J.N. / Mackinder, L.C.M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A promiscuous mechanism to phase separate eukaryotic carbon fixation 著者: Barrett, J. / Naduthodi, M.I.S. / Mao, Y. / Degut, C. / Musial, S. / Leake, M.C. / Plevin, M.J. / McCormick, A.J. / Blaza, J.N. / Mackinder, L.C.M. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q04.cif.gz | 865.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q04.ent.gz | 713.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q04.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q04_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q04_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q04_validation.xml.gz | 107 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q04_validation.cif.gz | 174.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q04 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18049MC 8q05C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52580.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella sorokiniana (植物) / 株: UTEX1230 (SAG211-8k) / 参照: UniProt: W8SUA8, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 20507.385 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella sorokiniana (植物) / 株: UTEX1230 (SAG211-8k) / 参照: UniProt: A0A2P6U2H5 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rubisco holoenzyme purified from Chlorella sorokiniana UTEX1230 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Chlorella sorokiniana (植物) / 株: UTEX1230 (SAG211-8k) / 細胞内の位置: Chloroplast / Organelle: Pyrenoid | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Chlorella sorokiniana Rubisco at 0.3 mg/mL (0.5 micromolar) was incubated with alpha3-alpha4 at 16 micromolar. | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Pressure was not recorded / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 240000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6.52 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4447 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 237035 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73962 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 44 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: Initial rigid body fitting was completed in UCSF Chimrea. Flexible fitting was completed in COOT and the coordinates were real-space refined in Phenix. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |