PDB-8q03: Metagenomic lipase ORF30

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q03

タイトル

Metagenomic lipase ORF30

要素

(ORF30) x 2

キーワード

HYDROLASE / lipase / esterase / metagenomic / enzyme

機能・相同性

butanoic acid

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Rangel Pereira, M. / Balan, A. / Hyvonen, M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lipases isolated from metagenomic libraries
著者: Rangel Pereira, M. / Balan, A. / Hyvonen, M.

履歴

登録	2023年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q03.cif.gz	486.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q03.ent.gz	330.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/8q03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF30

B: ORF30

C: ORF30

ヘテロ分子

109 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORF30

B: ORF30

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Mass Photometry measurement
73.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ORF30

ヘテロ分子

C: ORF30

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.376, 45.742, 135.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.630, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-240- ARG
2	1	C-765- HOH

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	ORF30 分子量: 36069.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	ORF30 分子量: 34921.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 1114分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-BUA / butanoic acid / 酪酸分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1095 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M Bicine, pH 9.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→46.67 Å / Num. obs: 159190 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 20.67 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.14

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.48-1.57	0.968	1.2	15144	0.571	1.173	1
1.57-1.68	0.611		20900	0.76	0.718	1
1.68-1.81	0.348		24896	0.914	0.397	1
1.81-1.98	0.189		23359	0.971	0.215	1
1.98-2.22	0.109		21177	0.988	0.124	1
2.22-2.56	0.076		18751	0.993	0.087	1
2.56-3.13	0.059		15878	0.995	0.068	1
3.13-4.42	0.049		12366	0.996	0.056	1
4.42-46.67	0.041		6719	0.997	0.048	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→46.67 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1798	8017	5.04 %
R_work	0.1439	151138	-
obs	0.1457	159155	88.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→46.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7285	0	101	1095	8481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	7686
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7139	10448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0762	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	1409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7657	2810

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.5	0.3982	149	0.3816	2348	X-RAY DIFFRACTION	42.25
1.5-1.51	0.3433	155	0.2947	2797	X-RAY DIFFRACTION	49.51
1.51-1.53	0.3028	156	0.2541	3009	X-RAY DIFFRACTION	53.18
1.53-1.55	0.2736	173	0.2373	3304	X-RAY DIFFRACTION	58.36
1.55-1.57	0.2764	172	0.2149	3635	X-RAY DIFFRACTION	63.37
1.57-1.59	0.3072	209	0.2084	3831	X-RAY DIFFRACTION	68.29
1.59-1.62	0.2444	228	0.1969	4133	X-RAY DIFFRACTION	73.37
1.62-1.64	0.2455	249	0.192	4480	X-RAY DIFFRACTION	79.23
1.64-1.67	0.2403	249	0.1862	4758	X-RAY DIFFRACTION	84.56
1.67-1.69	0.2215	239	0.1836	5160	X-RAY DIFFRACTION	89.79
1.69-1.72	0.2725	294	0.2018	5482	X-RAY DIFFRACTION	97.37
1.72-1.75	0.2343	281	0.1783	5715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.2149	291	0.157	5631	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.79-1.83	0.2126	313	0.1466	5694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2037	298	0.1328	5612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.1796	275	0.1337	5786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.1857	298	0.1364	5635	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.96-2.01	0.1708	317	0.1367	5664	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.01-2.07	0.1896	336	0.1337	5672	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.07-2.13	0.1811	294	0.1378	5661	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.13-2.21	0.1683	302	0.1342	5693	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.21-2.3	0.1814	334	0.1251	5694	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.3-2.4	0.1605	291	0.1296	5709	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.4-2.53	0.1731	306	0.1386	5718	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.53-2.69	0.1832	297	0.1445	5708	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.69-2.9	0.1777	295	0.1494	5680	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.9-3.19	0.1779	292	0.147	5776	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.19-3.65	0.1476	313	0.1337	5751	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.65-4.6	0.1548	317	0.1198	5778	X-RAY DIFFRACTION	99.53
4.6-46.67	0.1682	294	0.1522	5624	X-RAY DIFFRACTION	94.06

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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