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- PDB-8q03: Metagenomic lipase ORF30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q03
タイトルMetagenomic lipase ORF30
要素(ORF30) x 2
キーワードHYDROLASE / lipase / esterase / metagenomic / enzyme
機能・相同性butanoic acid
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Rangel Pereira, M. / Balan, A. / Hyvonen, M.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lipases isolated from metagenomic libraries
著者: Rangel Pereira, M. / Balan, A. / Hyvonen, M.
履歴
登録2023年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF30
B: ORF30
C: ORF30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,85122
ポリマ－107,0613
非ポリマー1,78919
水19,7261095
1
A: ORF30
B: ORF30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,17213
ポリマ－72,1402
非ポリマー1,03311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area24310 Å2
2
C: ORF30
ヘテロ分子

C: ORF30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,35618
ポリマ－69,8432
非ポリマー1,51316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5070 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area24020 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)182.376, 45.742, 135.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-240-

ARG

21C-765-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 ORF30


分子量: 36069.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 ORF30


分子量: 34921.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 1114分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BUA / butanoic acid


分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1095 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M Bicine, pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→46.67 Å / Num. obs: 159190 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 20.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.14
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.48-1.570.9681.2151440.5711.1731
1.57-1.680.611209000.760.7181
1.68-1.810.348248960.9140.3971
1.81-1.980.189233590.9710.2151
1.98-2.220.109211770.9880.1241
2.22-2.560.076187510.9930.0871
2.56-3.130.059158780.9950.0681
3.13-4.420.049123660.9960.0561
4.42-46.670.04167190.9970.0481

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→46.67 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1798 8017 5.04 %
Rwork0.1439 151138 -
obs0.1457 159155 88.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→46.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7285 0 101 1095 8481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00567686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.713910448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07621082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.76572810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.50.39821490.38162348X-RAY DIFFRACTION42.25
1.5-1.510.34331550.29472797X-RAY DIFFRACTION49.51
1.51-1.530.30281560.25413009X-RAY DIFFRACTION53.18
1.53-1.550.27361730.23733304X-RAY DIFFRACTION58.36
1.55-1.570.27641720.21493635X-RAY DIFFRACTION63.37
1.57-1.590.30722090.20843831X-RAY DIFFRACTION68.29
1.59-1.620.24442280.19694133X-RAY DIFFRACTION73.37
1.62-1.640.24552490.1924480X-RAY DIFFRACTION79.23
1.64-1.670.24032490.18624758X-RAY DIFFRACTION84.56
1.67-1.690.22152390.18365160X-RAY DIFFRACTION89.79
1.69-1.720.27252940.20185482X-RAY DIFFRACTION97.37
1.72-1.750.23432810.17835715X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.790.21492910.1575631X-RAY DIFFRACTION99.97
1.79-1.830.21263130.14665694X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.20372980.13285612X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.910.17962750.13375786X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.960.18572980.13645635X-RAY DIFFRACTION99.97
1.96-2.010.17083170.13675664X-RAY DIFFRACTION99.95
2.01-2.070.18963360.13375672X-RAY DIFFRACTION99.95
2.07-2.130.18112940.13785661X-RAY DIFFRACTION99.95
2.13-2.210.16833020.13425693X-RAY DIFFRACTION99.98
2.21-2.30.18143340.12515694X-RAY DIFFRACTION99.92
2.3-2.40.16052910.12965709X-RAY DIFFRACTION99.97
2.4-2.530.17313060.13865718X-RAY DIFFRACTION99.98
2.53-2.690.18322970.14455708X-RAY DIFFRACTION99.92
2.69-2.90.17772950.14945680X-RAY DIFFRACTION99.93
2.9-3.190.17792920.1475776X-RAY DIFFRACTION99.87
3.19-3.650.14763130.13375751X-RAY DIFFRACTION99.8
3.65-4.60.15483170.11985778X-RAY DIFFRACTION99.53
4.6-46.670.16822940.15225624X-RAY DIFFRACTION94.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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