PDB-8pzy: Intracellular leucine aminopeptidase of Pseudomonas aeruginosa PA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pzy

タイトル

Intracellular leucine aminopeptidase of Pseudomonas aeruginosa PA14 - hexameric assembly with manganese bound

要素

Probable cytosol aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / aminopeptidase / metalloenzyme / hexamer / manganese

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial leucyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Simpson, M.C. / Czekster, C.M. / Harding, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Unveiling the Catalytic Mechanism of a Processive Metalloaminopeptidase.
著者: Simpson, M.C. / Harding, C.J. / Czekster, R.M. / Remmel, L. / Bode, B.E. / Czekster, C.M.

履歴

登録	2023年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pzy.cif.gz	613.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pzy.ent.gz	498.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pzy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pzy_validation.pdf.gz	7.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pzy_full_validation.pdf.gz	7.6 MB	表示
XML形式データ	8pzy_validation.xml.gz	122.6 KB	表示
CIF形式データ	8pzy_validation.cif.gz	179.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8pz0C 8pzmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable cytosol aminopeptidase

B: Probable cytosol aminopeptidase

C: Probable cytosol aminopeptidase

D: Probable cytosol aminopeptidase

E: Probable cytosol aminopeptidase

F: Probable cytosol aminopeptidase

ヘテロ分子

333 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.530, 183.030, 316.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Probable cytosol aminopeptidase / Leucine aminopeptidase / LAP / Leucyl aminopeptidase 分子量: 55057.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) 遺伝子: pepA, PA14_14470 / プラスミド: pJ411 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q02RY8, leucyl aminopeptidase, bacterial leucyl aminopeptidase

#1: タンパク質

Probable cytosol aminopeptidase / Leucine aminopeptidase / LAP / Leucyl aminopeptidase

分子量: 55057.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
遺伝子: pepA, PA14_14470 / プラスミド: pJ411 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q02RY8, leucyl aminopeptidase, bacterial leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 8種, 2294分子

#2: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#6: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-P03 / 2-[3-[3-(2-hydroxyethoxy)propoxy]propoxy]ethanol 分子量: 222.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₅
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.95 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5 mM MnCl2 in 20 % PEG 3350, and 172 mM ammonium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→54.25 Å / Num. obs: 357632 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.97→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 17692 / CC_1/2: 0.3 / R_rim(I) all: 3.792 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→52.75 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	17937	5.02 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1778	357297	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→52.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22212	0	110	2249	24571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	22708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.965	30613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.737	3221
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	3538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	3969

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-1.99	0.4025	580	0.3822	11295	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.357	578	0.3445	11167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.04	0.3575	575	0.3298	11238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.3207	580	0.3013	11255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.09	0.3257	600	0.2912	11213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.12	0.2926	615	0.2671	11149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2911	595	0.2573	11226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.2765	594	0.2458	11289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2801	612	0.2455	11151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.2828	595	0.2477	11285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.2779	598	0.2289	11229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.34	0.2393	597	0.2111	11213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.38	0.2503	583	0.2039	11311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.43	0.2423	599	0.1855	11267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.48	0.2236	628	0.1883	11189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.54	0.2157	605	0.1812	11270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.6	0.2146	595	0.1792	11262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.67	0.2246	563	0.1732	11323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.75	0.2108	594	0.1807	11302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.84	0.2326	597	0.1906	11284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.94	0.2197	614	0.1804	11331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.06	0.2078	593	0.1736	11301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.2	0.2032	600	0.1723	11312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.37	0.2086	603	0.1848	11391	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.58	0.1947	637	0.1711	11305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.86	0.1854	606	0.158	11405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.24	0.1576	586	0.14	11443	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.86	0.1482	572	0.126	11538	X-RAY DIFFRACTION	100
4.86-6.12	0.1586	608	0.1444	11573	X-RAY DIFFRACTION	100
6.12-52.75	0.1781	635	0.1594	11843	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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