PDB-8pzk: Crystal structure of the Orange Carotenoid Protein 2 (OCP2) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pzk

タイトル

Crystal structure of the Orange Carotenoid Protein 2 (OCP2) from Gloeocapsa sp. PCC 7428

要素

Orange carotenoid-binding protein

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / photoprotective protein / photosensory protein / OCP2 / carotenoid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

light absorption / phycobilisome / chloride ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeocapsa sp. PCC 7428 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Boyko, K.M. / Varfolomeeva, L.A. / Slonimskiy, Y.B. / Maksimov, E.G. / Popov, V.O. / Sluchanko, N.N.

資金援助

ロシア, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural framework for the understanding spectroscopic and functional signatures of the cyanobacterial Orange Carotenoid Protein families.
著者: Sluchanko, N.N. / Maksimov, E.G. / Slonimskiy, Y.B. / Varfolomeeva, L.A. / Bukhanko, A.Y. / Egorkin, N.A. / Tsoraev, G.V. / Khrenova, M.G. / Ge, B. / Qin, S. / Boyko, K.M. / Popov, V.O.

履歴

登録	2023年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pzk.cif.gz	315.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pzk.ent.gz	196.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pzk_validation.pdf.gz	639.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pzk_full_validation.pdf.gz	641.3 KB	表示
XML形式データ	8pzk_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	8pzk_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pyhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orange carotenoid-binding protein

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.661, 52.661, 216.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Orange carotenoid-binding protein 分子量: 35419.230 Da / 分子数: 1 / 変異: E26A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeocapsa sp. PCC 7428 (バクテリア) 遺伝子: Glo7428_2455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9XH36

-
非ポリマー , 5種, 104分子

#2: 化合物	ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン分子量: 550.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium formate dihydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.0, 18% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→72.28 Å / Num. obs: 29081 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.153 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 125097
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 2.668 / Num. measured all: 6915 / Num. unique obs: 1584 / CC_1/2: 0.283 / R_pim(I) all: 1.414 / R_rim(I) all: 3.031 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→54.208 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 10.682 / SU ML: 0.146 / Average fsc free: 0.9351 / Average fsc work: 0.9501 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2481	1498	5.182 %	RANDOM
R_work	0.1974	27411	-	-
all	0.2	-	-	-
obs	-	28909	98.043 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.141 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.668 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.668 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.337 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→54.208 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2340	0	70	96	2506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.819	1.65	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.674	1.564	5459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.12	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.96	5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.2	10	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.282	10	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.117	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.35	2.192	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.347	2.191	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.442	3.916	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.445	3.92	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.599	2.564	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.561	2.564	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.233	4.539	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.22	4.541	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.979	24.171	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.986	24.18	2787

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.37	122	0.38	1953	0.38	2118	0.861	0.866	97.9698	0.359
1.847-1.897	0.325	116	0.345	1928	0.343	2087	0.889	0.886	97.9396	0.322
1.897-1.952	0.409	98	0.333	1892	0.336	2025	0.864	0.896	98.2716	0.303
1.952-2.012	0.342	96	0.284	1829	0.286	1959	0.91	0.93	98.2644	0.246
2.012-2.078	0.262	105	0.259	1754	0.259	1886	0.948	0.947	98.5684	0.22
2.078-2.151	0.277	95	0.238	1712	0.24	1837	0.943	0.957	98.3669	0.205
2.151-2.232	0.277	79	0.212	1693	0.215	1803	0.946	0.965	98.2806	0.178
2.232-2.323	0.272	89	0.214	1603	0.217	1733	0.947	0.966	97.6342	0.176
2.323-2.426	0.227	73	0.203	1548	0.204	1641	0.958	0.971	98.7812	0.169
2.426-2.544	0.261	89	0.191	1488	0.195	1597	0.956	0.974	98.7477	0.161
2.544-2.681	0.306	86	0.201	1443	0.207	1536	0.947	0.973	99.5443	0.172
2.681-2.844	0.273	69	0.181	1341	0.186	1417	0.956	0.978	99.506	0.158
2.844-3.039	0.253	72	0.171	1286	0.175	1367	0.961	0.98	99.3416	0.154
3.039-3.282	0.237	63	0.174	1228	0.177	1299	0.965	0.979	99.3841	0.159
3.282-3.594	0.222	67	0.182	1098	0.184	1177	0.971	0.981	98.9805	0.177
3.594-4.016	0.248	51	0.186	1007	0.19	1087	0.969	0.98	97.3321	0.188
4.016-4.633	0.183	42	0.136	889	0.138	972	0.978	0.989	95.7819	0.143
4.633-5.664	0.19	41	0.157	769	0.158	834	0.984	0.988	97.1223	0.161
5.664-7.967	0.171	24	0.159	610	0.159	682	0.984	0.985	92.9619	0.168
7.967-54.208	0.182	21	0.181	339	0.182	428	0.983	0.975	84.1122	0.205

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 1.4748 Å / Origin y: -23.156 Å / Origin z: 0.6181 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1202 Å²	-0.0257 Å²	0.005 Å²	-	0.1112 Å²	-0.0074 Å²	-	-	0.0021 Å²
L	0.6191 °²	-0.3042 °²	0.5564 °²	-	0.5354 °²	-0.3904 °²	-	-	1.6352 °²
S	0.0112 Å °	0.0061 Å °	-0.0264 Å °	-0.0138 Å °	0.004 Å °	0.0014 Å °	0.0418 Å °	0.0534 Å °	-0.0152 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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