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Yorodumi- PDB-8pzk: Crystal structure of the Orange Carotenoid Protein 2 (OCP2) from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pzk | |||||||||
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Title | Crystal structure of the Orange Carotenoid Protein 2 (OCP2) from Gloeocapsa sp. PCC 7428 | |||||||||
Components | Orange carotenoid-binding protein | |||||||||
Keywords | PHOTOSYNTHESIS / photoprotective protein / photosensory protein / OCP2 / carotenoid binding | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Gloeocapsa sp. PCC 7428 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Boyko, K.M. / Varfolomeeva, L.A. / Slonimskiy, Y.B. / Maksimov, E.G. / Popov, V.O. / Sluchanko, N.N. | |||||||||
Funding support | Russian Federation, 2items
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Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2024 Title: Structural framework for the understanding spectroscopic and functional signatures of the cyanobacterial Orange Carotenoid Protein families. Authors: Sluchanko, N.N. / Maksimov, E.G. / Slonimskiy, Y.B. / Varfolomeeva, L.A. / Bukhanko, A.Y. / Egorkin, N.A. / Tsoraev, G.V. / Khrenova, M.G. / Ge, B. / Qin, S. / Boyko, K.M. / Popov, V.O. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8pzk.cif.gz | 315.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8pzk.ent.gz | 196.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8pzk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8pzk_validation.pdf.gz | 639.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8pzk_full_validation.pdf.gz | 641.3 KB | Display | |
Data in XML | 8pzk_validation.xml.gz | 14.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8pzk_validation.cif.gz | 19.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8pyhC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 35419.230 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E26A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gloeocapsa sp. PCC 7428 (bacteria) / Gene: Glo7428_2455 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: K9XH36 |
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-Non-polymers , 5 types, 104 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ECH / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-TRS / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-AZI / #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Magnesium formate dihydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.0, 18% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17B1 / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→72.28 Å / Num. obs: 29081 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 4.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 125097 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / % possible obs: 92.3 % / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 2.668 / Num. measured all: 6915 / Num. unique obs: 1584 / CC1/2: 0.283 / Rpim(I) all: 1.414 / Rrim(I) all: 3.031 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 0.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8→54.208 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.229 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 10.682 / SU ML: 0.146 / Average fsc free: 0.9351 / Average fsc work: 0.9501 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.139 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.141 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→54.208 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 1.4748 Å / Origin y: -23.156 Å / Origin z: 0.6181 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |