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- PDB-8pz3: TssM - A USP-like DUB from B. pseudomallei (193-430) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pz3
タイトルTssM - A USP-like DUB from B. pseudomallei (193-430)
要素TssM
キーワードHYDROLASE / Deubiquitinase / papain-fold / USP
機能・相同性SbsA, Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain / : / Papain-like cysteine peptidase superfamily / TssM
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Uthoff, M. / Hermanns, T. / Hofmann, K. / Baumann, U.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HO 3783/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 216/949-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024
タイトル: The structural basis for deubiquitination by the fingerless USP-type effector TssM.
著者: Hermanns, T. / Uthoff, M. / Baumann, U. / Hofmann, K.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TssM
B: TssM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3142
ポリマ－64,3142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: The protein appears as monomer during size exclusion chromatography. Removal of the Ig-like domain in which the b-strand swap occurs has no effect on activity. The protein is possibly ...根拠: The protein appears as monomer during size exclusion chromatography. Removal of the Ig-like domain in which the b-strand swap occurs has no effect on activity. The protein is possibly attached to the cell surface in vivo and might dimerize under these condition.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)116.850, 116.850, 111.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 TssM


分子量: 32157.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: tssM / プラスミド: pOPIN-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: D7SFB8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.15 M ammonium chloride, 22 % w/v PEG 3350 and 4 % Dextran sulfate sodium salt Mr 5,000; 1:2, 1:1, 2:1 protein reservoir drop ration; cryoprotected with reservoir + 25% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月5日 / 詳細: default
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→74.88 Å / Num. obs: 15249 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.69 % / Biso Wilson estimate: 58.24 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rrim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 5.75
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / 冗長度: 4.76 % / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 1109 / CC1/2: 0.523 / Rrim(I) all: 1.079 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc4_3812精密化
XDSBUILT=20210323データ削減
XSCALEBUILT=20210323データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→50.6 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2753 1526 10.01 %
Rwork0.2291 --
obs0.2336 15239 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→50.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4443 0 0 0 4443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9466249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.554646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.250.36191400.33431227X-RAY DIFFRACTION97
3.25-3.370.38661350.30461245X-RAY DIFFRACTION98
3.37-3.50.33251310.29661242X-RAY DIFFRACTION99
3.5-3.660.34681400.27941238X-RAY DIFFRACTION99
3.66-3.860.3331370.25371228X-RAY DIFFRACTION98
3.86-4.10.23731350.22971229X-RAY DIFFRACTION99
4.1-4.410.2571410.19851257X-RAY DIFFRACTION99
4.41-4.860.23511390.19311236X-RAY DIFFRACTION97
4.86-5.560.22341370.1881259X-RAY DIFFRACTION98
5.56-70.24651430.21781263X-RAY DIFFRACTION97
7-50.60.25161480.19981289X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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