PDB-8pz0: Intracellular leucine aminopeptidase of Pseudomonas aeruginosa PA14.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pz0

タイトル

Intracellular leucine aminopeptidase of Pseudomonas aeruginosa PA14.

要素

Probable cytosol aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / aminopeptidase / metalloenzyme / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial leucyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Simpson, M.C. / Czekster, C.M. / Harding, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Unveiling the Catalytic Mechanism of a Processive Metalloaminopeptidase.
著者: Simpson, M.C. / Harding, C.J. / Czekster, R.M. / Remmel, L. / Bode, B.E. / Czekster, C.M.

履歴

登録	2023年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pz0.cif.gz	208.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pz0.ent.gz	163.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pzmC 8pzyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable cytosol aminopeptidase

ヘテロ分子

55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable cytosol aminopeptidase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Estimated molecular weight from dynamic light scattering indicates one hexameric assembly.
334 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_655	-x+y+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_555	x,x-y,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.950, 181.950, 87.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z #10: -y,-x,-z+1/2 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1032- HOH
2	1	A-1076- HOH
3	1	A-1095- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Probable cytosol aminopeptidase / Leucine aminopeptidase / LAP / Leucyl aminopeptidase 分子量: 55057.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) 株: PA14 / 遺伝子: pepA, PA14_14470 / プラスミド: pJ411 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q02RY8, leucyl aminopeptidase, bacterial leucyl aminopeptidase

#1: タンパク質

Probable cytosol aminopeptidase / Leucine aminopeptidase / LAP / Leucyl aminopeptidase

分子量: 55057.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
株: PA14 / 遺伝子: pepA, PA14_14470 / プラスミド: pJ411 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q02RY8, leucyl aminopeptidase, bacterial leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 430分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.58 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 14 % PEG 3350 and 200 mM ammonium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.49 Å / Num. obs: 78846 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.95 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 18.56 % / R_merge(I) obs: 4.03 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3880 / CC_1/2: 0.3 / R_rim(I) all: 4.141 / % possible all: 99.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→45.49 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1897	3873	4.91 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1687	78803	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3714	0	30	415	4159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3803
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	5125
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.875	538
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	591
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3585	138	0.3414	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.85	0.3075	123	0.3187	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.87	0.3498	124	0.2916	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.89	0.2493	139	0.2593	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2646	136	0.2375	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.2613	140	0.226	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2163	154	0.2136	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.2419	142	0.1926	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.1998	128	0.1897	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2077	135	0.1833	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.221	133	0.1809	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2153	135	0.1747	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.2141	124	0.1702	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.1931	136	0.1722	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.1856	136	0.1676	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.1873	136	0.1583	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.46	0.1804	141	0.156	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.1782	111	0.1593	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.63	0.1622	137	0.16	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.73	0.1687	158	0.1643	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.86	0.2022	140	0.1627	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.01	0.208	158	0.1722	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.2	0.1696	144	0.1695	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.44	0.1943	141	0.1688	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.79	0.2029	147	0.1633	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.34	0.1494	136	0.1445	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-5.46	0.1503	145	0.1439	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
5.46-45.49	0.2054	156	0.1628	2929	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 58.3984 Å / Origin y: 50.4129 Å / Origin z: 36.8664 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3504 Å²	-0.0112 Å²	0.0356 Å²	-	0.378 Å²	-0.0271 Å²	-	-	0.3507 Å²
L	0.483 °²	-0.2715 °²	0.0425 °²	-	0.6485 °²	-0.1727 °²	-	-	0.333 °²
S	-0.0244 Å °	-0.0375 Å °	-0.039 Å °	0.0392 Å °	-0.002 Å °	-0.0169 Å °	0.0358 Å °	-0.03 Å °	0.0005 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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