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- PDB-8pyr: Crystal structure of the dual T-loop phosphorylated Cdk7/CycH/Mat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pyr
タイトルCrystal structure of the dual T-loop phosphorylated Cdk7/CycH/Mat1 complex
要素
  • CDK-activating kinase assembly factor MAT1
  • Cyclin-H
  • Cyclin-dependent kinase 7
  • Nanobody (VHH-RD7-04)
キーワードTRANSCRIPTION / Cdk7 / Cyclin H / Mat1 / CDK activating kinase / kinase / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / ventricular system development / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / adult heart development / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / ventricular system development / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / adult heart development / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / ATP-dependent activity, acting on DNA / cyclin-dependent kinase / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Transcription Elongation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / male germ cell nucleus / nucleotide-excision repair / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / G1/S transition of mitotic cell cycle / Formation of Incision Complex in GG-NER / response to calcium ion / NoRC negatively regulates rRNA expression / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Cyclin D associated events in G1 / fibrillar center / kinase activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / regulation of cell cycle / protein stabilization / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Ubiquitin interacting motif ...CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 7 / Cyclin-H / CDK-activating kinase assembly factor MAT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Anand, K. / Duster, R. / Geyer, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC2151-390873048 ドイツ
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Cdk7 activation by dual T-loop phosphorylation.
著者: Duster, R. / Anand, K. / Binder, S.C. / Schmitz, M. / Gatterdam, K. / Fisher, R.P. / Geyer, M.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Cdk7 activation by dual T-loop phosphorylation.
著者: Duster, R. / Anand, K. / Binder, S.C. / Schmitz, M. / Gatterdam, K. / Fisher, R.P. / Geyer, M.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 7
B: Cyclin-H
C: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
D: Nanobody (VHH-RD7-04)
E: Cyclin-dependent kinase 7
F: Cyclin-H
G: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
H: Nanobody (VHH-RD7-04)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,23814
ポリマ－196,8668
非ポリマー3726
水6,918384
1
A: Cyclin-dependent kinase 7
B: Cyclin-H
C: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
D: Nanobody (VHH-RD7-04)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6197
ポリマ－98,4334
非ポリマー1863
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
2
E: Cyclin-dependent kinase 7
F: Cyclin-H
G: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
H: Nanobody (VHH-RD7-04)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6197
ポリマ－98,4334
非ポリマー1863
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area29950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.860, 77.866, 121.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AEBFCG

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 7 / 39 kDa protein kinase / p39 Mo15 / CDK-activating kinase 1 / Cell division protein kinase 7 / ...39 kDa protein kinase / p39 Mo15 / CDK-activating kinase 1 / Cell division protein kinase 7 / Serine/threonine-protein kinase 1 / TFIIH basal transcription factor complex kinase subunit


分子量: 39250.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7, CAK, CAK1, CDKN7, MO15, STK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P50613, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-H / MO15-associated protein / p34 / p37


分子量: 37695.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51946
#3: タンパク質 CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger ...CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger protein 66 / RING finger protein MAT1 / p35 / p36


分子量: 9043.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MNAT1, CAP35, MAT1, RNF66
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51948

-
抗体 , 1種, 2分子 DH

#4: 抗体 Nanobody (VHH-RD7-04)


分子量: 12443.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 390分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.86 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes (pH 7.0), 12% (v/w) medium weight PEG mix of PEG6K and PEG4K, 10% ethylene-glycol, and 0.2 M NDSB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.05 Å / Num. obs: 106560 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.79
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / Num. unique obs: 9834 / CC1/2: 0.325

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→48.05 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 62.7 / 位相誤差: 32.01 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 2041 1.93 %
Rwork0.2197 --
obs0.2226 105608 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11616 0 24 384 12024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5716142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5174436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042075
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.34361390.34366716X-RAY DIFFRACTION89
2.2-2.260.35461370.35467271X-RAY DIFFRACTION95
2.26-2.330.37131430.34247325X-RAY DIFFRACTION97
2.33-2.410.3371380.33027407X-RAY DIFFRACTION98
2.41-2.490.31751510.31317431X-RAY DIFFRACTION98
2.49-2.590.31361390.29277431X-RAY DIFFRACTION98
2.59-2.710.31551390.27497445X-RAY DIFFRACTION98
2.71-2.850.31491450.27087438X-RAY DIFFRACTION98
2.85-3.030.28061440.25347459X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.260.28241380.25167468X-RAY DIFFRACTION98
3.26-3.590.23161550.22637503X-RAY DIFFRACTION98
3.59-4.110.21621430.19157494X-RAY DIFFRACTION98
4.11-5.180.19121510.16967532X-RAY DIFFRACTION98
5.18-100.20261520.17527674X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.4108 Å / Origin y: 16.5688 Å / Origin z: 70.8206 Å
111213212223313233
T0.3108 Å20.0065 Å2-0.1295 Å2-0.2805 Å2-0.0329 Å2--0.6362 Å2
L0.2561 °2-0.019 °2-0.2069 °2-0.2006 °20.0067 °2--0.5568 °2
S-0.0166 Å °0.0086 Å °-0.0113 Å °0.0436 Å °0.0006 Å °-0.1228 Å °-0.0219 Å °0.0129 Å °0.015 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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