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万見
- PDB-8pyl: Human IGF1R with inhibitor 53 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pyl
タイトルHuman IGF1R with inhibitor 53
要素Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain
キーワードTRANSFERASE / Tyrosine / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / protein kinase complex / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / cellular response to zinc ion starvation / negative regulation of muscle cell apoptotic process / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R ...cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / protein kinase complex / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / cellular response to zinc ion starvation / negative regulation of muscle cell apoptotic process / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / cellular response to aldosterone / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of DNA metabolic process / transcytosis / cellular response to testosterone stimulus / insulin receptor complex / positive regulation of protein-containing complex disassembly / insulin-like growth factor I binding / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / response to alkaloid / positive regulation of axon regeneration / regulation of JNK cascade / dendritic spine maintenance / insulin binding / response to L-glutamate / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / response to vitamin E / establishment of cell polarity / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of cytokinesis / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / cellular response to angiotensin / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / G-protein alpha-subunit binding / SHC-related events triggered by IGF1R / negative regulation of MAPK cascade / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase binding / estrous cycle / placental growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / stem cell factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / cerebellum development / fibroblast growth factor receptor activity / T-tubule / insulin receptor activity / cellular response to dexamethasone stimulus / axonogenesis / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / hippocampus development / insulin receptor binding / response to nicotine / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to glucose stimulus / cellular response to estradiol stimulus / receptor protein-tyrosine kinase / caveola / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to amyloid-beta / cellular senescence / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / response to ethanol / Extra-nuclear estrogen signaling / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / cilium / immune response / positive regulation of cell migration / axon / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats ...Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-IE0 / NICKEL (II) ION / Insulin-like growth factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Dreyer, M.K. / Wang, J. / Elkins, J.M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines InitiativeK4DD スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human IGF1R with inhibitor 53
著者: Dreyer, M.K. / Wang, J. / Elkins, J.M.
履歴
登録2023年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3084
ポリマ－36,7161
非ポリマー5923
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.502, 68.502, 140.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain


分子量: 36715.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC / Cell (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08069
#2: 化合物 ChemComp-IE0 / (5S)-5-methyl-1-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-ylmethyl)-3-[4-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]imidazolidine-2,4-dione


分子量: 420.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15F3N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5-8.5, 9-12 % PEG3350, 5 mM CoCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, and 5 mM NiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→140.07 Å / Num. obs: 7760 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.93→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 1085

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.93→61.537 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 35.623 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.414 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 365 4.758 %
Rwork0.1884 7307 -
all0.191 --
obs-7672 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 71.715 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.982 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.982 Å2-0 Å2
3----7.963 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→61.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2209 0 31 23 2263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8431.6653086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2911.5834987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1795275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19821.917120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.18715414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4911517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.22248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.21180
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2990.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2030.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.7970.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8253.8041106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8233.8021105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0815.6961379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.085.6991380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9794.0561180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9794.0591181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3195.9941707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3185.9971708
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.75943.9462603
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.75443.932601
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc workWRfactor Rwork
2.93-3.0060.357140.2845400.2855540.7170.8470.262
3.006-3.0880.266350.2484870.2495220.8680.8640.219
3.088-3.1780.301300.2214880.2255180.8530.8930.198
3.178-3.2750.342260.224970.2265230.8890.9030.192
3.275-3.3820.3210.1974560.2024770.8690.9090.163
3.382-3.5010.236210.2014580.2034790.90.9260.168
3.501-3.6320.266200.2024520.2044720.9160.9280.158
3.632-3.780.323200.1924260.1984460.9080.9370.158
3.78-3.9480.244230.1653990.174220.9090.9470.13
3.948-4.1390.263240.1573960.1634200.9310.9570.121
4.139-4.3620.189230.1433720.1463950.9580.9630.116
4.362-4.6250.179140.1443670.1463810.9620.9650.112
4.625-4.9430.215140.1613360.1633500.9510.9650.135
4.943-5.3360.311140.1743210.183350.9310.9560.139
5.336-5.8410.267120.172930.1743050.9270.9560.137
5.841-6.5230.135130.182730.1782860.9580.9540.14
6.523-7.5180.159150.1652460.1642610.950.9630.139
7.518-9.1730.229110.1552120.1582230.940.9710.136
9.173-12.8310.223100.1951730.1961830.9120.9640.19
12.831-61.5370.43550.3841150.3861200.8780.8950.378
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7787-0.4266-1.93934.44310.12935.17980.07980.32570.6616-0.5389-0.0954-0.8777-0.8851.2960.01560.4819-0.2466-0.00560.6577-0.01270.65644.7838.921-14.123
23.9384-0.34180.25594.0678-0.34694.69830.1035-0.0514-0.14830.0447-0.05620.18370.21240.2081-0.04730.0688-0.00380.04440.0167-0.04030.279924.08-6.773-18.677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AAAA986 - 108014 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2AAAA1081 - 1270109 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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