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- PDB-8py7: Isopenicillin N synthase in complex with Fe, ACdV and O2 after 1s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8py7
タイトルIsopenicillin N synthase in complex with Fe, ACdV and O2 after 1s O2 exposure
要素Isopenicillin N synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / penicillins / biosynthesis / 2OG oxygenases / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopenicillin N synthase signature 1. / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / : / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / : / OXYGEN MOLECULE / Isopenicillin N synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Rabe, P. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 米国, 11件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V001892/1 英国
Wellcome Trust210734/Z/18/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V001892/1 英国
Department of Energy (DOE, United States)DE- AC02-76SF00515 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02- 05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117126 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM55302 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110501 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126289 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1P41GM139687 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD023453 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isopenicillin N synthase in complex with Fe, ACdV and O2 after 1s O2 exposure
著者: Rabe, P. / Schofield, C.J.
履歴
登録2023年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopenicillin N synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2076
ポリマ－37,5641
非ポリマー6435
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.758, 75.376, 101.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isopenicillin N synthase / IPNS


分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

-
非ポリマー , 5種, 212分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン


分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 % / 解説: needle morphology, 3 um x 3um x 60-80 um
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 1.7 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.300289 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.300289 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→22.53 Å / Num. obs: 53297 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 186.07 % / Biso Wilson estimate: 19.04 Å2 / CC1/2: 0.997 / R split: 0.067 / Net I/σ(I): 6.379
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 12.31 % / Mean I/σ(I) obs: 0.581 / Num. unique obs: 2612 / CC1/2: 0.329 / R split: 0.861 / % possible all: 99.85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.xfel.mergeデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→22.53 Å / SU ML: 0.2121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.9236
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1805 1999 3.75 %
Rwork0.15 51245 -
obs0.1511 53244 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→22.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2597 0 37 207 2841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00732806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98863842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0803401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.12831013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.530.40451380.37953550X-RAY DIFFRACTION98.82
1.53-1.570.38431420.31273631X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.610.28781410.2673613X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.670.26021420.22543628X-RAY DIFFRACTION99.95
1.67-1.730.22011400.19353597X-RAY DIFFRACTION99.97
1.73-1.80.2191410.16853622X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.880.22711420.15873646X-RAY DIFFRACTION99.92
1.88-1.980.19841420.14943637X-RAY DIFFRACTION99.95
1.98-2.10.18291420.13213646X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.260.1531440.12573663X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.490.16611430.13923669X-RAY DIFFRACTION99.97
2.49-2.850.17461440.14643691X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.590.16921450.13293755X-RAY DIFFRACTION100
3.59-22.530.1371530.12153897X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93092203654-0.6728239451310.3739094086196.390655677283.582445233866.116164695850.0394782405388-0.196704983380.02180558480690.218741308824-0.07083110485340.0745463258360.0583000464181-0.1927256243190.04677752005450.100220364521-0.02727046022520.02705930126220.1394242528950.04089217582550.100245472614-15.6060028839-3.9564582700215.1742984701
22.14816724939-0.362021678163-0.5890296729811.20893603429-1.169035814716.228906708250.04136060611050.1221348039740.0578111585549-0.09651443844610.1773959384560.208164110723-0.279347479902-0.732563976046-0.2398947933330.137012816588-0.0358523964155-0.02758953148170.1766631062260.0108294066660.17087950251-22.59972824270.642510298347-2.46340326978
32.058960519240.732282162677-0.1238706055866.644996535323.722216467075.92573219985-0.03888355485090.0912329654620.0932808880339-0.2042757258830.03486423288790.0720530594137-0.449449358354-0.116960523067-0.01943875731770.264023615131-0.00939189958993-0.0008446097643740.2129694614420.04742765967340.138696045106-11.24705777966.58708336045-24.4012683526
41.917808832681.658907069920.4924230307476.97651058841.276278874022.41851154815-0.1331993537870.2251746332880.0541609293671-0.3885450347540.159538574012-0.0695353165538-0.4416476068450.164972977357-0.04847349212530.205560952266-0.0006584220123460.01389912766510.1598404528620.03150097881240.118024458918-10.00681378626.33107555176-15.2518247739
57.186780115621.722670577480.8552091359452.685240947090.5851697487522.33548310232-0.09412199003580.6089773969390.365667314217-0.09197814624490.1104115548630.0470977472025-0.9214732254920.08797384981980.03663235338440.416999529227-0.005709900068410.0305032186990.1849613050450.06905383012220.157533176222-9.5260932446715.3924464224-13.124159022
63.717644103-2.835061840473.946210506174.33713589091-4.602791920687.727901626390.0941532510042-0.05946620548480.106627533144-0.134749085352-0.02229900615960.0780027025636-0.320678376214-0.230216540131-0.07561710986470.2119259041550.01713387153740.03425032869110.115769694397-0.01548238319730.14191308203-15.15788904589.043161045382.85236022456
71.15027253433-0.7311990071891.19324899153.39598694001-3.543813014593.92259070256-0.0511521644187-0.1600005459670.1560700888320.4814061090440.0431704183495-0.139772506152-1.228710817980.3644413472020.08131331339580.279853419512-0.06023555387820.01714809928430.189302083367-0.0296243546590.195559865082-4.9902159698710.46550637798.17596379911
81.37176158797-0.157180933880.4526491719261.188690172840.1878762344652.59405786080.03181185521590.033510221665-0.11893304594-0.08994060431670.009694132196720.05190415817260.07589507132910.0159447354039-0.05306388394330.12768688335-0.01097049643030.01168414324850.1243060968530.007665658795850.144337214741-12.483306927-8.80347981182-3.88808971439
92.966717067420.941425283696-1.073441334933.10453495642-2.265141298534.210673680790.0793426562574-0.223350513048-0.1201940863640.385703289999-0.305327742046-0.321266855816-0.3347380251431.322594783370.2553521865560.270656920931-0.0874683398093-0.03691032531870.449124563242-0.01058676052290.2193431314115.653972387752.5481592727310.1233096717
104.703822397844.258031949785.141208964845.563923670217.166948625039.4366742679-0.1463338173110.349048126062-0.126420360857-0.4539382183510.263892203753-0.168631102897-0.001090811091640.586017222507-0.1717088411580.287187142387-0.01489983430840.03016421695040.3385627682380.04828140184990.2477953900890.73748318092-1.10913397941-8.49737745955
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 37 )3 - 371 - 35
22chain 'A' and (resid 38 through 64 )38 - 6436 - 62
33chain 'A' and (resid 65 through 82 )65 - 8263 - 80
44chain 'A' and (resid 83 through 114 )83 - 11481 - 112
55chain 'A' and (resid 115 through 137 )115 - 137113 - 135
66chain 'A' and (resid 138 through 164 )138 - 164136 - 162
77chain 'A' and (resid 165 through 183 )165 - 183163 - 181
88chain 'A' and (resid 184 through 286 )184 - 286182 - 284
99chain 'A' and (resid 287 through 312 )287 - 312285 - 310
1010chain 'A' and (resid 313 through 331 )313 - 331311 - 329

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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