PDB-8py1: Sensor domain of Asticcacaulis benevestitus chemoreceptor in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8py1

タイトル

Sensor domain of Asticcacaulis benevestitus chemoreceptor in complex with formate.

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / chemotaxis / chemoreceptor / Asticcacaulis benevestitus

機能・相同性

機能・相同性情報

signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Asticcacaulis benevestitus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Krell, T. / Monteagudo-Cascales, E. / Velando, F. / Matilla, M.A. / Martinez-Rodriguez, S.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Bacterial sensor evolved by decreasing complexity.
著者: Monteagudo-Cascales, E. / Gavira, J.A. / Xing, J. / Velando, F. / Matilla, M.A. / Zhulin, I.B. / Krell, T.

履歴

登録	2023年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8py1.cif.gz	196.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8py1.ent.gz	157.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8py1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8py1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8py1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8py0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

C: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

59.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.768, 103.768, 220.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 19830.166 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Asticcacaulis benevestitus (バクテリア) 遺伝子: ABENE_03230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V4PJJ2
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→73.38 Å / Num. obs: 35374 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1162 / R_pim(I) all: 0.0378 / R_rim(I) all: 0.1225 / Χ²: 0.83 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 1.179 / Num. unique obs: 3397 / CC_1/2: 0.701 / R_pim(I) all: 0.5567 / R_rim(I) all: 1.311 / Χ²: 0.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→73.38 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3059	1779	5.06 %
R_work	0.2655	-	-
obs	0.2674	35178	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→73.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3506	0	19	105	3630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.531
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.229	518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.3958	146	0.3895	2439	X-RAY DIFFRACTION	96
2.16-2.22	0.3938	134	0.3409	2523	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.29	0.359	111	0.3543	2482	X-RAY DIFFRACTION	97
2.29-2.37	0.3282	157	0.2908	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.47	0.3413	134	0.2787	2559	X-RAY DIFFRACTION	99
2.47-2.58	0.3885	140	0.2759	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.72	0.2848	138	0.2739	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.89	0.3287	119	0.2858	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
2.89-3.11	0.3507	149	0.2647	2553	X-RAY DIFFRACTION	99
3.11-3.42	0.3279	148	0.2631	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
3.42-3.92	0.2642	122	0.2403	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.94	0.2707	133	0.2266	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-73.38	0.2641	148	0.2573	2768	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4598	1.452	0.5783	1.5195	0.3259	1.1969	0.0152	-0.2922	-0.36	0.3424	0.0964	-0.0854	0.5982	0.0941	0.0005	0.4036	0.0342	-0.0515	0.3009	-0.0191	0.2851	-17.602	9.9124	-3.411
2	1.1527	0.6884	-0.2834	0.607	0.2793	0.6208	-0.3359	-0.7173	-0.0251	0.9128	0.3438	0.1568	0.1541	-0.8155	-0.0017	0.4322	0.0277	0.0283	0.4063	-0.0558	0.3626	-28.952	10.2987	-0.0255
3	0.2945	-0.2667	0.1918	0.2386	-0.2589	0.2269	-0.1725	0.1133	1.1194	-0.1163	0.5059	0.9499	-0.2985	-0.6072	0.003	0.6392	0.0024	0.0265	0.5186	-0.0155	0.4824	-29.3449	20.5051	-14.0319
4	0.1472	-0.0024	0.1375	0.2953	-0.1311	0.3063	-0.2233	-0.188	0.5543	0.5421	0.2427	-0.1239	-0.4025	0.6316	-0.0028	0.3341	0.0419	0.0199	0.2902	-0.0671	0.3013	-16.2133	20.2345	-7.8607
5	0.5705	0.4435	-0.7585	0.548	-0.6413	0.8468	-0.0695	0.2759	-0.0322	-0.1684	0.1181	0.1416	0.1329	-0.0354	-0	0.2939	0.0035	-0.0266	0.341	-0.0296	0.2653	-25.6581	11.6268	-18.3977
6	0.4391	-0.2505	-0.3395	0.5728	0.1865	0.3375	-0.0251	0.5409	0.0284	-0.2968	0.2271	-0.6461	0.141	0.1667	0	0.2982	-0.0218	-0.0032	0.3787	-0.01	0.3135	-18.898	13.008	-23.0998
7	0.4115	0.1022	-0.1681	0.0641	-0.0872	0.3128	0.3255	-0.675	-0.7389	-0.0496	-0.2856	-0.2558	0.5354	0.1177	-0.0073	0.4418	-0.0727	-0.1018	0.2873	0.004	0.3764	-27.1803	-0.5125	-14.2983
8	0.8628	0.1687	0.266	0.0564	-0.0104	0.9914	-0.2591	0.5098	-0.843	0.183	-0.1807	-0.938	0.9477	0.7742	-0.0264	0.4419	0.0757	-0.0314	0.293	-0.0565	0.3886	-15.4293	2.4229	-16.861
9	0.1661	0.0448	0.3852	1.5496	0.091	1.0261	-0.1132	0.0286	-0.3413	0.1878	0.0126	0.1417	0.5308	-0.1794	0.001	0.3294	-0.0285	-0.0303	0.3147	0.0021	0.3412	-25.6791	6.2431	-11.7715
10	0.4646	0.3982	-0.2946	2.2673	-0.1868	0.6411	0.0782	0.37	-0.3381	0.2636	0.0215	-0.5013	0.6338	0.3346	0.0136	0.4107	0.1683	-0.0943	0.4258	-0.0685	0.3615	-11.0311	7.6752	-12.9628
11	1.5081	0.5405	0.7838	0.8116	0.2816	1.638	0.0441	-0.6795	1.0034	-0.1794	-0.0288	-0.0316	-0.6936	-0.8011	-0.0261	0.4287	-0.0373	0.1533	0.4151	-0.0543	0.7058	-57.5055	24.6811	-16.641
12	0.6821	0.3903	-0.4209	0.63	0.2968	0.5017	-0.1988	0.105	0.0632	-0.0008	0.0315	-0.387	-0.0254	0.0281	-0.0005	0.3729	-0.0114	0.0703	0.5907	0.0099	0.5579	-49.7934	21.2418	-14.4151
13	2.7698	1.3525	0.1472	2.0106	-0.331	1.3136	0.0657	0.0691	0.0574	-0.0397	-0.0535	0.1363	0.1121	-0.1989	-0	0.2496	-0.0186	0.043	0.357	0.0083	0.3492	-55.8029	11.3447	-17.911
14	0.1322	-0.0236	-0.0722	0.9502	-0.2228	0.4018	-0.42	0.0471	0.0113	0.0466	0.2768	0.2868	-0.0213	-0.1658	-0.0004	0.3621	-0.0538	0.0409	0.4576	0.0147	0.5154	-65.9294	14.6076	-19.636
15	0.8598	0.0516	-0.3755	0.4096	0.278	0.4062	0.5011	-0.1896	0.0998	0.3244	0.3565	0.1642	-0.1296	0.5641	0.0033	0.7166	-0.0854	0.1354	0.8709	-0.1552	0.6108	-69.0847	14.3433	22.0202
16	0.0853	0.049	-0.0132	0.1036	0.0788	0.048	0.5424	0.2481	0.4772	-0.4174	-0.145	-0.0715	0.221	-0.1528	0.0024	0.7302	0.0179	0.2108	0.8354	0.0178	0.9422	-77.2383	16.5281	9.1319
17	0.5789	-0.4207	-0.0204	0.4064	0.0244	0.2499	-0.091	-0.0583	0.4179	-0.1871	0.4116	0.1331	-0.0726	0.6561	0.0011	0.6211	-0.1628	0.1698	0.9782	-0.1829	0.6221	-68.4344	16.6667	11.7277
18	0.0755	-0.1108	0.213	0.5677	-0.8592	1.23	0.3626	-0.3761	0.5045	-0.0174	0.1776	-0.2052	0.7399	1.3657	0.0862	0.6633	0.1828	0.0436	1.1859	-0.2866	0.5807	-61.2957	7.6445	7.7087
19	0.1079	-0.0495	0.087	0.5664	-0.5	0.4275	0.1444	-1.0746	-0.0335	-0.5632	-0.1896	0.014	0.4032	1.3066	-0.0184	0.6331	0.0886	0.0575	1.5749	-0.1485	0.6742	-52.5256	10.1168	10.4036
20	0.0739	0.0162	0.0085	0.4507	-0.3042	0.2112	0.3852	0.0539	-0.8784	0.0081	0.005	-0.6116	0.7736	1.1411	0.0011	0.7823	0.3007	-0.0458	1.0882	-0.1542	0.7014	-63.7416	0.7057	16.5175
21	0.4678	0.309	-0.556	1.5447	-0.9731	0.8001	0.1534	-0.1799	0.1577	0.0031	0.1635	-0.2357	0.322	0.7385	0.0001	0.5457	0.1255	-0.0487	0.9845	-0.207	0.6266	-65.256	7.4293	15.4155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 80 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 81 through 90 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 100 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 121 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 122 through 140 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 141 through 151 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 152 through 160 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 161 through 176 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 177 through 195 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 39 through 70 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 71 through 90 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 91 through 176 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 177 through 194 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 39 through 62 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 63 through 70 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 71 through 100 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 101 through 121 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 122 through 140 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 141 through 160 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 161 through 190 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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