PDB-8py0: Sensor domain of Oscillibacter ruminantium chemoreceptor in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8py0

タイトル

Sensor domain of Oscillibacter ruminantium chemoreceptor in complex with formate.

要素

Ligand Binding domain (LBD) Chemoreceptor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / chemotaxis / chemoreceptor / Oscillibacter ruminantium

機能・相同性

FORMIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Oscillibacter ruminantium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Krell, T. / Monteagudo-Cascales, E. / Velando, F. / Matilla, M.A. / Martinez-Rodriguez, S.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Bacterial sensor evolved by decreasing complexity.
著者: Monteagudo-Cascales, E. / Gavira, J.A. / Xing, J. / Velando, F. / Matilla, M.A. / Zhulin, I.B. / Krell, T.

履歴

登録	2023年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8py0.cif.gz	144.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8py0.ent.gz	113.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8py0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8py0_validation.pdf.gz	898.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8py0_full_validation.pdf.gz	898.9 KB	表示
XML形式データ	8py0_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	8py0_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8py0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8py0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8py1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ligand Binding domain (LBD) Chemoreceptor

B: Ligand Binding domain (LBD) Chemoreceptor

ヘテロ分子

40.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ligand Binding domain (LBD) Chemoreceptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ligand Binding domain (LBD) Chemoreceptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.379, 58.379, 156.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Ligand Binding domain (LBD) Chemoreceptor 分子量: 20110.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oscillibacter ruminantium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.2 詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Potassium phosphate monobasic/ Sodium phosphate dibasic pH 6.2, 200 mM Sodium chloride PH範囲: 5.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50.56 Å / Num. obs: 31411 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.183 / R_pim(I) all: 0.092 / R_rim(I) all: 0.205 / Χ²: 0.58 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 150638
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.444 / Num. measured all: 8664 / Num. unique obs: 1719 / CC_1/2: 0.572 / R_pim(I) all: 0.706 / R_rim(I) all: 1.612 / Χ²: 0.57 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→50.56 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	1535	4.94 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1897	31065	96.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2323	0	8	250	2581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.697
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.08	406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	507

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.81	0.2888	151	0.2781	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.87	0.2778	188	0.2452	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.95	0.3692	110	0.2903	2407	X-RAY DIFFRACTION	88
1.95-2.03	0.2573	137	0.2192	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.14	0.2324	133	0.1871	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.28	0.2116	100	0.1934	2331	X-RAY DIFFRACTION	84
2.28-2.45	0.2133	173	0.1844	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.7	0.2098	127	0.1852	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-3.09	0.225	128	0.1833	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.89	0.1763	140	0.1654	2703	X-RAY DIFFRACTION	95
3.89-50.56	0.1886	148	0.1642	2929	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6788	-0.1713	0.077	0.3877	-0.0384	0.2556	0.0246	0.0335	0.0755	0.0355	0.0012	-0.0244	0.0123	0.0857	0.1087	0.0639	0.0141	-0.0012	0.1714	0.005	0.0964	-0.4781	-26.5488	-11.9449
2	0.5113	0.313	-0.0547	0.4105	0.0817	0.4306	0.0499	0.1357	0.0346	-0.1822	-0.0307	0.1261	0.0134	-0.3378	0.0058	0.0231	-0.0123	0.0034	0.2784	0.0043	0.0856	0.5424	-23.4019	-40.4702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 34 through 188)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 34 through 190)

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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