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- PDB-8pxy: Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 C354S mutant from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pxy
タイトルCrystal structure of the transpeptidase LdtMt2 C354S mutant from Mycobacterium tuberculosis in complex with natural substrate
要素
  • L,D-transpeptidase 2
  • Peptidoglycan tetrapeptide
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / LdtMt2 / Substrate complex / Mycobacterium tuberculosis / L / D-transpeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region ...peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者de Munnik, M. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 C354S mutant from Mycobacterium tuberculosis in complex with natural substrate
著者: de Munnik, M. / Schofield, C.J.
履歴
登録2023年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase 2
B: Peptidoglycan tetrapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2235
ポリマ－38,4532
非ポリマー7703
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.608, 94.623, 58.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-933-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AB

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase 2 / LDT 2 / Ldt(Mt2)


分子量: 37993.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ldtB, MT2594, V735_02606 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O53223, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド Peptidoglycan tetrapeptide


分子量: 459.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 339分子

#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 25% Jeffamine ED-2001 pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→59.54 Å / Num. obs: 23935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 30.14 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.987 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1136 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.279 / Rrim(I) all: 1.027 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→59.54 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 1161 4.87 %
Rwork0.2006 --
obs0.2028 23830 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→59.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 81 337 3037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032807
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5743857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.257960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.250.29121480.27132737X-RAY DIFFRACTION98
2.25-2.370.35351300.27072786X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.510.27381430.26042764X-RAY DIFFRACTION99
2.51-2.710.31661460.25282835X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.980.28421470.23152804X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.410.2471480.20392841X-RAY DIFFRACTION100
3.41-4.30.23751360.16632896X-RAY DIFFRACTION100
4.3-59.540.19021630.16623006X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6711-0.24262.2356.31790.52063.4060.0779-0.0210.0332-0.1614-0.0267-0.04160.3085-0.1702-0.05420.26890.01630.04450.2882-0.0070.306853.81777.088712.1721
22.7525-0.16880.53650.8555-0.05330.48320.0136-0.124-0.0103-0.1092-0.0123-0.07460.01710.06170.00520.31310.010.05230.29270.01080.236933.391617.579510.9384
31.4502-0.0705-0.29830.76220.14591.65230.0724-0.05580.0355-0.1579-0.08240.1332-0.2043-0.23330.01340.330.0343-0.07510.2855-0.00010.29512.599326.702513.7201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 58 through 122 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 248 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 249 through 407 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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