PDB-8pxf: Crystal structure of the full length Hh1412 Dsb homodimer.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pxf

タイトル

Crystal structure of the full length Hh1412 Dsb homodimer.

要素

Disulfide bond oxidoreductase/isomerase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / disulfide bond formation / Dsb

機能・相同性

Thioredoxin-like superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter hepaticus ATCC 51449 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Wilk, P. / Orlikowska, M. / Roszczenko-Jasinska, P. / Jagusztyn-Krynicka, E.K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Disulfide oxidoreductase/isomerase from Helicobacter hepaticus.
著者: Roszczenko-Jasinska, P.

履歴

登録	2023年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pxf.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pxf.ent.gz	145.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pxf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pxf_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pxf_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
XML形式データ	8pxf_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	8pxf_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pxdC 8pxeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Disulfide bond oxidoreductase/isomerase

B: Disulfide bond oxidoreductase/isomerase

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.260, 87.260, 130.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Disulfide bond oxidoreductase/isomerase 分子量: 24351.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter hepaticus ATCC 51449 (バクテリア) 遺伝子: HH_1412 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3) LacIq / 参照: UniProt: Q7VGB0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus A4; 0.06 M Divalents, 0.1 M Buffer System 1 6.5, 50 % v/v Precipitant Mix 4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.13→44.84 Å / Num. obs: 28892 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.45 % / B_iso Wilson estimate: 71.51 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_rim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 9.58

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.13-2.26	11.97	1.814	1.01	4564	0.527	1.895	100
2.26-2.41		1.005		4318	0.782	1.05
2.41-2.61		0.503		4033	0.931	0.528
2.61-2.86		0.263		3716	0.977	0.276
2.86-3.19		0.157		3374	0.988	0.165
3.19-3.68		0.121		3023	0.993	0.126
3.68-4.5		0.106		2588	0.991	0.111
4.5-6.33		0.103		2042	0.992	0.108
6.33-44.84		0.108		1234	0.988	0.114

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→43.63 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2641	1445	5 %
R_work	0.2301	-	-
obs	0.2318	28890	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→43.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3334	0	0	36	3370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.963	1296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.21	0.4295	141	0.3912	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.29	0.3569	142	0.3453	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.4	0.3282	142	0.3019	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.53	0.3375	142	0.2905	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.68	0.3746	143	0.2944	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.89	0.3637	143	0.3058	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.18	0.3392	144	0.2701	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.64	0.2818	146	0.244	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.59	0.2227	146	0.1956	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-43.63	0.2246	156	0.1998	2949	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4514	-0.5545	-1.5716	3.1679	1.9595	3.6567	-0.1858	-0.0233	-0.1615	0.3027	0.1294	-0.2445	0.1392	0.2676	0.1043	0.5234	-0.0273	-0.0323	0.5842	-0.0772	0.7453	25.0432	28.8425	23.8613
2	6.6606	-0.3102	1.1246	2.4598	-0.2489	5.2853	-0.0226	-0.065	0.0239	-0.0734	-0.0403	0.2091	-0.1819	-0.4391	0.0732	0.6957	0.028	0.0013	0.4148	-0.0299	0.3753	2.8063	38.4126	44.5038
3	4.3722	-1.5566	5.1516	3.1657	1.1198	9.3623	0.1286	0.7092	-1.7748	-0.2198	1.057	-0.5669	0.4113	0.9744	-1.1602	0.8531	0.1046	0.1619	0.7444	-0.1597	1.1213	29.1423	3.8353	14.0028
4	4.6518	2.3883	1.5227	3.7657	2.3463	1.564	-1.1099	0.0689	-1.2841	-0.1891	1.2421	0.625	1.1974	0.2506	0.0876	0.8234	0.0846	0.4211	0.756	-0.0333	1.1267	22.943	7.0248	11.235
5	3.0908	2.2122	2.5083	5.675	-0.0348	3.0857	-0.2382	-0.2434	0.2436	-0.1708	0.3574	0.4851	-0.202	-0.2517	-0.1286	0.5993	0.0211	0.0776	0.5773	-0.0372	0.7993	20.3508	12.6236	12.2145
6	4.8182	7.4397	0.4207	8.3061	0.6043	1.0159	-0.4654	0.2795	0.3301	-0.465	0.412	0.6346	-0.349	0.1908	-0.0271	0.5872	0.0057	0.0178	0.6238	-0.0026	0.7501	7.0097	8.1321	5.2204
7	6.1446	-1.228	-0.4667	3.6777	-0.601	5.6897	-0.1341	-0.7485	0.5	0.4652	0.2024	0.0333	-0.4248	-0.3826	-0.1288	0.5237	0.0732	0.0512	0.7265	-0.0633	0.7326	-13.5394	-1.5454	13.0914
8	5.795	-0.3478	-1.9149	2.3056	-0.5708	2.1754	-0.6322	-1.7637	-0.389	0.7876	0.4387	0.0374	0.035	0.1873	0.2434	0.7291	0.1883	0.0419	1.1795	0.156	0.7135	-11.2612	-11.2364	21.3909
9	5.1829	-0.024	-0.6608	7.3793	-2.5432	4.3402	0.5598	0.4434	-0.479	0.0018	0.0242	1.423	-0.0676	-0.3487	-0.4699	0.5983	-0.0442	-0.0801	0.6922	-0.1823	0.8805	-4.2614	4.2418	9.3982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 94 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 95 through 213 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 12 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 13 through 28 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 29 through 62 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 63 through 94 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 95 through 148 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 149 through 201 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 202 through 215 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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