PDB-8pxe: Crystal structure of the N-terminal dimerisation domain of Hh1141

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pxe

タイトル

Crystal structure of the N-terminal dimerisation domain of Hh1141

要素

Disulfide isomerase DsbG N-terminal domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / disulfide bonds / Dsb

機能・相同性

Disulfide isomerase DsbG, N-terminal / Disulfide isomerase DsbG N-terminal / Thioredoxin-like superfamily / Disulfide isomerase DsbG N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter hepaticus ATCC 51449 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.23 Å

データ登録者

Wilk, P. / Roszczenko-Jasinska, P. / Jagusztyn-Krynicka, E.K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of Disulfide oxidoreductase/isomerase from Helicobacter hepaticus.
著者: Roszczenko-Jasinska, P.

履歴

登録	2023年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pxe.cif.gz	94.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pxe.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pxe_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pxe_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	8pxe_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	8pxe_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pxdC 8pxfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Disulfide isomerase DsbG N-terminal domain-containing protein

B: Disulfide isomerase DsbG N-terminal domain-containing protein

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.004, 66.004, 113.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 2 through 16 or resid 18 through 20 or resid 22 through 79 or resid 81))	A	A	2 - 15	2 - 15
1	2	GLN	GLN	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 2 through 16 or resid 18 through 20 or resid 22 through 79 or resid 81))	A	A	18 - 19	18 - 19
1	3	ILE	ILE	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 2 through 16 or resid 18 through 20 or resid 22 through 79 or resid 81))	A	A	22 - 78	22 - 78
2	4	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 2 through 16 or resid 18 through 20 or resid 22 through 79 or resid 81))	B	B	2 - 15	2 - 15
2	5	GLN	GLN	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 2 through 16 or resid 18 through 20 or resid 22 through 79 or resid 81))	B	B	18 - 19	18 - 19
2	6	ILE	ILE	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 2 through 16 or resid 18 through 20 or resid 22 through 79 or resid 81))	B	B	22 - 78	22 - 78

#1: タンパク質	Disulfide isomerase DsbG N-terminal domain-containing protein 分子量: 26815.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Appears to be proteolytically cleaved in the crystallization drop. 由来: (組換発現) Helicobacter hepaticus ATCC 51449 (バクテリア) 遺伝子: HH_1141 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): (DE3) LacIq / 参照: UniProt: Q7VH26

#1: タンパク質

Disulfide isomerase DsbG N-terminal domain-containing protein

分子量: 26815.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Appears to be proteolytically cleaved in the crystallization drop.
由来: (組換発現)

Helicobacter hepaticus ATCC 51449 (バクテリア)
遺伝子: HH_1141 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): (DE3) LacIq / 参照: UniProt: Q7VH26

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PACT F8 \| 0.2 M sodium sulfate, 0.1 M Bis Tris propane 6.5, 20 % w/v PEG 3350. 30% EDO used as cryoprotectant.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月30日 / 詳細: Elliptically bent mirror

放射

モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.23→46.67 Å / Num. obs: 4360 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.14 % / B_iso Wilson estimate: 112.27 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_rim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 14.75

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
3.23-3.43	1.732	675	0.611	1.804	1
3.43-3.66	1.063	644	0.832	1.109	1
3.66-3.96	0.593	594	0.96	0.619	1
3.96-4.33	0.302	558	0.99	0.315	1
4.33-4.84	0.147	505	0.995	0.154	1
4.84-5.57	0.129	456	0.997	0.135	1
5.57-6.8	0.104	397	0.997	0.109	1
6.8-9.52	0.066	325	0.998	0.069	1
9.52-46.67	0.045	205	0.997	0.048	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.1_3469	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.23→46.67 Å / SU ML: 0.4243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.4314
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2448	218	5 %
R_work	0.1839	4142	-
obs	0.187	4360	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 104.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.23→46.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1224	0	0	0	1224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0142	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6641	1658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0819	203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	207
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.0319	770

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.23-4.07	0.3242	105	0.2408	2000	X-RAY DIFFRACTION	99.53
4.07-46.67	0.2169	113	0.1646	2142	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.128280494505	-0.372758110321	0.259721522404	1.0846688333	-0.755042975689	0.528031399343	-0.188881588702	-0.492886719588	-0.88597786897	0.988234989239	0.497231677732	1.12883816468	-1.06687174764	0.466118427788	0.0680034059672	0.948934202863	-0.0181883297975	-0.136895446819	0.768861457526	-0.18039225561	1.10127309257	-9.88086521033	27.6582517224	28.5911995703
2	0.268525604549	0.0993669357706	0.238412703337	0.0401426437925	0.10127523769	0.239027460129	-0.396118173607	-0.425114421757	-0.983696791146	0.0981092457818	0.285166007801	0.77939253831	0.0251370452055	0.139257953683	0.00166914660599	0.729697313269	-0.00804568713296	0.0253442868195	0.934021325339	-0.0110101652512	0.982768801654	-6.01649067174	21.1101738234	31.8349673786
3	1.12717968113	-0.491242083705	0.892573468202	0.577359927788	0.019489935893	1.160305405	0.121034300918	0.0114228212136	-0.161471984679	-0.229173660746	0.0604612842483	-0.245984103064	-0.328680808589	0.378419690934	-0.000812663224163	0.714483164057	0.0840131244944	0.0707149603335	0.871618823375	0.0180978759383	0.724483807359	-1.33707522145	20.4099768684	20.8192370235
4	0.639874518186	0.039417226907	0.457203191115	0.219691758026	0.189686949651	0.446945681331	-0.690773477432	-0.753142440429	0.00605446167609	0.699933844318	0.282574505469	0.0216977581791	-0.36925974074	-0.249374042679	-0.137016743223	1.27792869717	0.83361747285	0.0194482405818	1.32472469543	0.512299454454	1.88432959327	6.08877874475	12.9195546624	20.7428001186
5	1.5180710859	0.418090322488	0.623890069293	0.57765965422	-0.398851762444	0.92608578994	0.0339967074773	0.239976289157	0.354752034718	-0.32321772855	0.0321102161486	-0.0996356340064	-0.204034099535	0.622526833746	0.000235492793453	0.937824048754	0.118071640433	0.0412993500359	0.877852553722	-0.0388861086639	0.690863702835	-4.21455834556	21.9358849911	6.74948834155
6	0.15264334444	-0.210538656341	0.247499734323	2.07489745942	-2.30526151052	2.56247691264	-0.347690777246	0.882397738753	-1.1585546174	-1.58306722972	0.442600278426	0.339042162236	1.48169582736	0.65363811862	0.0658363125783	1.09691964297	-0.055975248761	-0.0762834726958	1.07677553591	-0.206517710964	1.58025711831	-17.3760443543	20.8153481016	9.57600892988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 26 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 27 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 81 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 69 through 83 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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