PDB-8px8: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-5-(1-((1-acetylpipe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8px8

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-5-(1-((1-acetylpiperidin-3-yl)methyl)-5-bromo-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / Bromodomain inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Chung, C.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Guided Design of a Domain-Selective Bromodomain and Extra Terminal N-Terminal Bromodomain Chemical Probe.
著者: Bradley, E. / Fusani, L. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Demont, E.H. / Humphreys, P.G. / Mitchell, D.J. / Phillipou, A. / Rioja, I. / Shah, R.R. / Wellaway, C.R. / Prinjha, R.K. / Palmer, D.S. ...

履歴

登録	2023年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8px8.cif.gz	81.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8px8.ent.gz	46 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8px8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8px2C 8pxaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.825, 52.573, 31.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-I0U / 5-[5-bromanyl-1-[[(3~{S})-1-ethanoylpiperidin-3-yl]methyl]benzimidazol-2-yl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one 分子量: 457.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₂H₂₅BrN₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→71.82 Å / Num. obs: 15930 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.018 / Net I/σ(I): 40.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Mean I/σ(I) obs: 12.2 / Num. unique obs: 1907 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.603→42.423 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.174 / WR_factor R_work: 0.143 / SU B: 2.628 / SU ML: 0.05 / Average fsc free: 0.9772 / Average fsc work: 0.9844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1713	766	4.827 %
R_work	0.1436	15102	-
all	0.145	-	-
obs	-	15868	96.141 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.818 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.794 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.024 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.603→42.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	910	0	45	231	1186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	989
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.085	1.663	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.411	1.627	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.092	5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.629	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.176	10	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.099	10	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.131	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.951	1.651	444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.904	1.65	444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.497	3.701	555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.501	3.715	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.918	2.086	545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.916	2.086	546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.091	4.472	781
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.089	4.472	782
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.491	38.508	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.489	38.491	1291

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.603-1.644	0.232	49	0.197	833	0.199	1169	0.926	0.958	75.4491	0.156
1.644-1.689	0.19	47	0.175	975	0.175	1186	0.977	0.975	86.172	0.14
1.689-1.738	0.211	47	0.158	1034	0.16	1113	0.974	0.982	97.1249	0.13
1.738-1.792	0.2	64	0.149	1046	0.152	1125	0.978	0.985	98.6667	0.124
1.792-1.85	0.18	42	0.146	1011	0.147	1056	0.978	0.986	99.7159	0.123
1.85-1.915	0.154	42	0.148	982	0.148	1032	0.982	0.986	99.2248	0.13
1.915-1.987	0.155	42	0.139	970	0.14	1018	0.982	0.988	99.4106	0.125
1.987-2.068	0.183	41	0.149	917	0.151	962	0.98	0.986	99.5842	0.136
2.068-2.16	0.179	37	0.136	886	0.138	926	0.983	0.988	99.676	0.128
2.16-2.265	0.153	47	0.132	849	0.133	898	0.985	0.989	99.7773	0.127
2.265-2.387	0.23	30	0.125	813	0.129	847	0.975	0.99	99.5277	0.123
2.387-2.532	0.171	44	0.127	758	0.129	805	0.982	0.989	99.6273	0.126
2.532-2.706	0.142	46	0.13	718	0.131	766	0.987	0.989	99.7389	0.132
2.706-2.922	0.189	36	0.138	685	0.141	727	0.979	0.988	99.1747	0.143
2.922-3.199	0.155	33	0.147	623	0.148	660	0.985	0.985	99.3939	0.155
3.199-3.574	0.156	35	0.136	560	0.137	604	0.979	0.989	98.5099	0.153
3.574-4.122	0.167	30	0.131	491	0.133	537	0.983	0.988	97.0205	0.154
4.122-5.036	0.184	21	0.137	425	0.139	462	0.981	0.988	96.5368	0.163
5.036-7.073	0.153	23	0.184	333	0.182	372	0.985	0.978	95.6989	0.219
7.073-42.423	0.145	10	0.206	193	0.203	240	0.983	0.97	84.5833	0.255

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 33.0498 Å / Origin y: 10.3315 Å / Origin z: 1.0286 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0071 Å²	0.0034 Å²	0.0029 Å²	-	0.0068 Å²	0.0028 Å²	-	-	0.0111 Å²
L	0.7598 °²	0.051 °²	0.0927 °²	-	0.3372 °²	0.0141 °²	-	-	0.0152 °²
S	-0.0013 Å °	0.0319 Å °	0.0037 Å °	0.0421 Å °	0.0075 Å °	-0.004 Å °	-0.0015 Å °	0.0011 Å °	-0.0062 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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