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- PDB-8pwx: PfRH5 bound to monoclonal antibody R5.008 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pwx
タイトルPfRH5 bound to monoclonal antibody R5.008
要素
  • Reticulocyte-binding protein homolog 5
  • scFv fragment for antibody R5.008
キーワードCELL ADHESION / Plasmodium falciparum / malaria / monoclonal antibody / growth-inhibition / blood stage / erythrocyte invasion
機能・相同性
機能・相同性情報


rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding ...rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Reticulocyte-binding protein homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Farrell, B. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust220797/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PfRH5 bound to monoclonal antibody R5.008
著者: Farrell, B. / Higgins, M.K.
履歴
登録2023年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv fragment for antibody R5.008
B: Reticulocyte-binding protein homolog 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7873
ポリマ－70,6952
非ポリマー921
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.990, 114.990, 147.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: 抗体 scFv fragment for antibody R5.008


分子量: 29732.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Reticulocyte-binding protein homolog 5 / PfRH5


分子量: 40962.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: RH5, PFD1145c, PF3D7_0424100
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8IFM5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Ethylene Glycol Mix (di-, tri-, tetra- and pentaethylene glycols) 0.1 M Buffer System 3 pH 8.5 (BICINE, Trizma base) 30% v/v Precipitant Mix 3 (glycerol, PEG 4000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→57.49 Å / Num. obs: 19138 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 75.45 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / Num. unique obs: 3408 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→49.79 Å / SU ML: 0.4561 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.8308
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2935 974 5.11 %
Rwork0.2402 18079 -
obs0.2429 19053 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4229 0 6 6 4241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01154326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49315824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0823631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7565572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.370.45891570.40362515X-RAY DIFFRACTION99.4
3.37-3.580.36941470.3392525X-RAY DIFFRACTION99.52
3.58-3.860.34961060.28012574X-RAY DIFFRACTION99.81
3.86-4.240.30631300.22162582X-RAY DIFFRACTION99.78
4.24-4.860.23311490.20332551X-RAY DIFFRACTION99.89
4.86-6.120.28011470.21742596X-RAY DIFFRACTION99.82
6.12-49.790.23981380.19722736X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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