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万見
- PDB-8pwr: TINA-conjugated antiparallel DNA triplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pwr
タイトルTINA-conjugated antiparallel DNA triplex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*(J32)P*GP*T)-3')
キーワードDNA / Triplex / TINA / Antiparallel / Conjugate
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Garavis, M. / Edwards, P.J.B. / Serrano-Chacon, I. / Doluca, O. / Filichev, V.V. / Gonzalez, C.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-89707-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-116620GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Understanding intercalative modulation of G-rich sequence folding: solution structure of a TINA-conjugated antiparallel DNA triplex.
著者: Garavis, M. / Edwards, P.J.B. / Serrano-Chacon, I. / Doluca, O. / Filichev, V.V. / Gonzalez, C.
履歴
登録2023年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2024年1月17日ID: 6QHI
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*CP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*(J32)P*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8733
ポリマ－6,8733
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, First strand is connected to second strand through a linker of six ethylenglycol units. The same linker is used to connect second with third strand.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 15structures with the lowest energy
代表モデルモデル #2lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*CP*CP*T)-3')


分子量: 2024.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3')


分子量: 2211.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*GP*(J32)P*GP*T)-3')


分子量: 2636.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
242isotropic22D DQF-COSY
252isotropic12D 1H-1H NOESY
262isotropic12D 1H-1H TOCSY
271isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM Triplex-TINA, 90% H2O/10% D2O1H_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM Triplex-TINA, 90% H2O/10% D2O1D_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTriplex-TINAnatural abundance1
0.5 mMTriplex-TINAnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1125 mMTriplex-TINA_571 atm279.6 K
2125 mMTriplex-TINA_2571 atm300.4 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLpeak picking
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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