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- PDB-8pvq: Crystal Structure of Human PTX3 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pvq
タイトルCrystal Structure of Human PTX3 C-terminal domain
要素Pentraxin-related protein PTX3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


(1->3)-beta-D-glucan binding / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / ovarian cumulus expansion / negative regulation by host of viral process / opsonization / complement component C1q complex binding / response to yeast / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding ...(1->3)-beta-D-glucan binding / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / ovarian cumulus expansion / negative regulation by host of viral process / opsonization / complement component C1q complex binding / response to yeast / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding / positive regulation of phagocytosis / extracellular matrix organization / extracellular matrix / specific granule lumen / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / inflammatory response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Pentraxin-related protein PTX3 / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pentraxin-related protein PTX3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Levy, C.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T001542/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T017643/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pentraxin 3 mediated crosslinking of heavy chain hyaluronan complexes: new insights from structural and biophysical studies
著者: Shah, A. / Zhang, X. / Lockhart-Cairns, M.P. / Levy, C.W. / Jowitt, T.A. / Birchenough, H. / Dean, L. / Collins, R. / Dodd, R.J. / Inforzato, A. / Fontana, J. / Baldock, C. / Richter, R.P. / Day, A.J.
履歴
登録2023年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentraxin-related protein PTX3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6111
ポリマ－22,6111
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.003, 138.003, 69.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Pentraxin-related protein PTX3 / Pentaxin-related protein PTX3 / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 5 / TNF alpha-induced ...Pentaxin-related protein PTX3 / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 5 / TNF alpha-induced protein 5 / Tumor necrosis factor-inducible gene 14 protein / TSG-14


分子量: 22610.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTX3, TNFAIP5, TSG14
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P26022
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03 M of each halide, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5) * 0.3 M sodium fluoride, 0.3 M sodium bromide, 0.3 M sodium iodide
Temp details: Cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→45.33 Å / Num. obs: 9663 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 62.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 8.66
反射 シェル解像度: 2.43→2.517 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 950 / CC1/2: 0.892 / Rpim(I) all: 0.66 / % possible all: 99.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→45.33 Å / SU ML: 0.307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.8652
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 483 5.01 %
Rwork0.2164 9154 -
obs0.2187 9637 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→45.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1546 0 0 21 1567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00881580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78982142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0546237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.516212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.780.37271590.30453009X-RAY DIFFRACTION99.28
2.78-3.50.33011610.25453035X-RAY DIFFRACTION99.72
3.5-45.330.22471630.1913110X-RAY DIFFRACTION99.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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