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- PDB-8pv0: Crystal structure of tropomyosin (Cdc8) cables, Conformers 2 and 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pv0
タイトルCrystal structure of tropomyosin (Cdc8) cables, Conformers 2 and 3
要素Tropomyosin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tropomyosin / cdc8 / yeast / overlap complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane fusion involved in cytogamy / formin-nucleated actin cable / mating projection actin fusion focus / RHOV GTPase cycle / actin lateral binding / actin cortical patch organization / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / actin cortical patch ...plasma membrane fusion involved in cytogamy / formin-nucleated actin cable / mating projection actin fusion focus / RHOV GTPase cycle / actin lateral binding / actin cortical patch organization / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / actin cortical patch / mitotic actomyosin contractile ring contraction / mating projection tip / cell division site / mitotic cytokinesis / actin filament / actin filament organization / actin filament binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Reinke, P.Y.A. / Zahn, M. / Fedorov, R. / Manstein, D.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)AB 1234/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic structure of tropomyosin cables
著者: Reinke, P.Y.A. / Manstein, D.J.
履歴
登録2023年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tropomyosin
B: Tropomyosin
C: Tropomyosin
D: Tropomyosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7314
ポリマ－76,7314
非ポリマー00
水1,15364
1
A: Tropomyosin
B: Tropomyosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3652
ポリマ－38,3652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
2
C: Tropomyosin
D: Tropomyosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3652
ポリマ－38,3652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.499, 77.667, 108.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Tropomyosin


分子量: 19182.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cdc8, SPAC27F1.02c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02088
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: 10 mM Tris HCl pH 7.8, 0.15 M ammonium acetate, and 40% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日
放射モノクロメーター: 0.9797 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→107.93 Å / Num. obs: 28799 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 49.68 Å2 / CC1/2: 0.887 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Num. unique obs: 2178 / CC1/2: 0.887

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PARROT位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.43→53.97 Å / SU ML: 0.4608 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.5573
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3106 1615 5.65 %
Rwork0.2513 26956 -
obs0.2546 28571 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→53.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 0 64 5368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00245320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.37387100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0243800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.60962204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.50.51241450.43482176X-RAY DIFFRACTION97.24
2.5-2.580.49381240.35592262X-RAY DIFFRACTION97.31
2.58-2.670.42221300.32652188X-RAY DIFFRACTION97.89
2.67-2.780.34771390.30352215X-RAY DIFFRACTION98.33
2.78-2.910.37581340.29432265X-RAY DIFFRACTION98.24
2.91-3.060.36851340.30182219X-RAY DIFFRACTION97.92
3.06-3.250.35991350.2792246X-RAY DIFFRACTION98.02
3.25-3.50.32771380.27042245X-RAY DIFFRACTION98.76
3.5-3.860.29691290.2332292X-RAY DIFFRACTION99.18
3.86-4.410.25191350.20292255X-RAY DIFFRACTION99.21
4.42-5.560.27971350.22822263X-RAY DIFFRACTION97.64
5.56-53.970.25651370.21812330X-RAY DIFFRACTION98.6
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.0014265954 Å / Origin y: 67.4893369429 Å / Origin z: 18.9674726022 Å
111213212223313233
T0.536841658637 Å2-0.032154566525 Å20.0933583123127 Å2-0.481404465598 Å2-0.0474692844776 Å2--0.600529820272 Å2
L0.349936680388 °2-0.0919678398651 °20.000952333708257 °2-0.0920355596273 °20.0238604165038 °2--0.00159817563594 °2
S0.103150368754 Å °0.0340615134082 Å °0.0730461292076 Å °0.0670650304671 Å °-0.0460554264744 Å °0.0488533775296 Å °-0.0651241459193 Å °-0.0329114405728 Å °-0.0660820450826 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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