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- PDB-8puz: Crystal structure of tropomyosin (Cdc8) cables, Conformer 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8puz
タイトルCrystal structure of tropomyosin (Cdc8) cables, Conformer 1
要素Tropomyosin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tropomyosin / cdc8 / yeast / overlap complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane fusion involved in cytogamy / formin-nucleated actin cable / mating projection actin fusion focus / RHOV GTPase cycle / actin lateral binding / actin cortical patch organization / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / actin cortical patch ...plasma membrane fusion involved in cytogamy / formin-nucleated actin cable / mating projection actin fusion focus / RHOV GTPase cycle / actin lateral binding / actin cortical patch organization / mitotic actomyosin contractile ring assembly / mitotic actomyosin contractile ring / actomyosin contractile ring / actin cortical patch / mitotic actomyosin contractile ring contraction / mating projection tip / cell division site / mitotic cytokinesis / actin filament / actin filament organization / actin filament binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Reinke, P.Y.A. / Zahn, M. / Fedorov, R. / Manstein, D.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)AB 1234/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic structure of cdc8 tropomyosin cables
著者: Reinke, P.Y.A. / Manstein, D.J.
履歴
登録2023年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tropomyosin
B: Tropomyosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9902
ポリマ－37,9902
非ポリマー00
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.267, 38.616, 98.933
Angle α, β, γ (deg.)94.310, 91.920, 102.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Tropomyosin


分子量: 18995.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cdc8, SPAC27F1.02c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02088
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1 M Tris HCl pH 8.2, and 45% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→26.6 Å / Num. obs: 16997 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 38.76 Å2 / CC1/2: 0.915 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Num. unique obs: 2706 / CC1/2: 0.915

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SADABSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→24.63 Å / SU ML: 0.2603 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.1836
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2803 861 5.08 %
Rwork0.2329 16090 -
obs0.2352 16951 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2652 0 0 35 2687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00192660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.31983550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0212400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.96041102
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.340.33831560.27482705X-RAY DIFFRACTION99.58
2.34-2.520.28131260.23552694X-RAY DIFFRACTION99.96
2.52-2.770.30131370.24072671X-RAY DIFFRACTION99.79
2.77-3.170.29061550.21952667X-RAY DIFFRACTION99.89
3.17-3.990.27041650.22052677X-RAY DIFFRACTION99.96
3.99-24.630.26521220.23622676X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.000364267490094 Å / Origin y: -16.3960427191 Å / Origin z: 21.7802202118 Å
111213212223313233
T0.311612968804 Å2-0.0247627554285 Å20.0289078273025 Å2-0.357730921135 Å20.0424383944062 Å2--0.375211904485 Å2
L3.40928677245 °2-4.21587817704 °22.50315306894 °2-5.41892796683 °2-3.12212436659 °2--1.90450054098 °2
S-0.0879692902691 Å °-0.0882839021978 Å °0.153421880068 Å °0.104495793947 Å °-0.00736566207943 Å °-0.269605802658 Å °0.0206803917739 Å °-0.00156814004676 Å °0.0948338657195 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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